在一六八三年之前的臺灣歷史，雖有福建住民的來往，但可資記載之事，僅兩條，即一六二二年荷蘭人的佔領與一六六一年鄭成功退據臺灣，建立抗清政權。大陸之中央政府從未對臺進行過設制、派員、駐軍的管治。因此，臺灣學者質疑施琅攻臺，不能說是康熙「統一」或「收復」臺灣，因為以前從未統一過。
康熙雍正直言臺自古未屬中國
學者引證康熙帝在攻佔臺灣後，還說「臺灣是海外地方，無甚關係。」「臺灣乃海岸島嶼，今雖蕩平，與閩省版圖原無關涉。」甚至繼位的雍正帝也諭旨：「臺灣地方自古未屬中國。」後來（一七八六年）乾隆帝也承認：「臺灣地方自康熙年間始隸屬版圖」。（見二○○二年一月十日中國時報）中國最高統治者如是說，是有權威性的。
因此從歷史看，臺灣屬於中國領土，最多可以推至施琅攻臺前二十二年之鄭成功打敗荷蘭人佔領臺灣，雖然，鄭家政權不屬清政府，但仍可視為中國明朝政府的餘脈伸。施琅攻臺成功，設府駐軍，成為中國中央政權的隸屬地區（知府），無疑是臺灣歷史上的大事。
據正史所載，康熙攻臺，原意不在擴大版圖，而是臺灣有一個割據一方的反清政權，亦稱「東寧國」，必須除掉這個隱患。開始因無能為力，甚至對臺灣只是採取「遷界禁海」的封鎖政策。後來鄭成功死後，臺灣鄭氏家族發生火拼，康熙才開始向臺灣政權實行「招撫」，但數次談判均被鄭成功後人拒絕，臺方堅持「藩國」待遇，「不剃髮，不登岸，照朝鮮例入貢。」康熙被迫一再放寬招撫條件，但臺方仍不屈從。
直至平定三藩之亂後，康熙才決定武力攻臺。先於一六八○年攻佔金門與廈門，一六八二年臺灣鄭成功之孫鄭克爽繼位，才十二歲，康熙趁此「主幼國虛」下達了攻取澎湖、臺灣的命令。即使皇上有令，朝廷百官中仍有不同意見，反對武力攻臺的人不少，認為臺灣「海洋險遠，斷不可取」。
施琅大敗鄭軍於澎湖，臺乃歸順
這時，康熙才任命施琅挂帥攻臺。施琅是福建晉江人，曾任福建水師提督，後投鄭成功抗清，善於海戰。康熙查得施琅二子七十三名親屬，在臺因叛逆被鄭氏全部殺掉，獲得信任、並授予「獨立專任」的攻臺指揮權。
臺灣政權聽聞施琅統兵攻臺，甚為緊張。鄭克爽命大將劉國軒率二萬兵力，二百戰船堅守澎湖，一六八三年（康熙二十二年）六月，經過兩次激戰，施琅終以五船圍攻一船的戰術，大敗鄭軍。鄭軍死萬餘人，五千人投降，毀戰船二百餘艘，清軍亦死傷數百人。
臺灣鄭氏政權失守澎湖後，軍心動搖，終於在施琅軍事壓力下，接受清廷的招撫條件，同意高級官員剃髮，上京居住。翌年，完成「納土歸誠」，康熙帝授鄭克爽一等公爵，撥田地房產，對投誠的二千文武官員及四萬兵士，均作妥善安置。並下詔為鄭成功父子摘「亂臣賊子」之帽。施琅則授予靖海將軍，封侯嘉獎。康熙就這樣恩威並施地「統一」臺灣，瓦解了反清的鄭氏政權。把臺灣官員與軍隊一鍋端地收編至大陸，康熙諭旨保證對他們「盡行赦免，加恩安插」，「朕不食言」。
清朝廷對臺灣棄留的爭論
至此，臺灣問題已告解決，但清廷文武大臣中仍有一場「臺灣棄留」的激烈爭論。一派主張「遷其人，棄其地」，認為臺灣是「海外丸泥，不足為中國加廣」，只留澎湖為屏障即可。甚至原主張收復臺灣的大學士李光地也主張將臺灣放棄，因為遠離大陸，不便管理，不如讓給荷蘭人，讓他們世守納貢，乃是永逸長安之策。（可見康熙治下還有「言論自由」）。
施琅及福建總督姚啟聖卻堅決反對放棄臺灣，向上呈奏，康熙反覆徵求意見後，同意「留守臺灣」，並當面批評了李光地。乃於一六八四年四月下令在臺灣設立新的政權機構，改鄭氏東寧府為臺灣府，直轄澎湖，下設三縣。府縣官員由福建總督與巡撫委派，批准漢軍旗人蔣毓英為臺灣首任知府（官階在省縣之間）。康熙又依施琅建議，在臺灣駐兵，臺澎總計兵力一萬名（臺灣八千）。又親選楊文魁為臺灣首
任總兵官。
臺灣學者質疑施琅謀臺為己名利
以上資料參閱北京軍方出版社一九九一年出版的中國歷代名將叢書《康熙》。該書對施琅攻臺所述較詳，而週一良主編的《清朝簡史》，對康熙攻臺只有四行字的敘述。大陸研究施琅最熱是一九九六年臺灣總統大選之後，該年中共對臺文攻武嚇達到高潮，泉州廈門相繼成立施琅研究會，福建各地建紀念館，施琅與國家統一研討會則無一年無之，規模之大動輒數百人。施琅被捧到超過鄭成功民族英雄的高度。近期的電視劇《康熙王朝》中的施琅描寫，比之上述學術活動則要輕率許多，史實錯誤接二連三。
臺灣學者賴福順指出，施琅攻佔臺灣之後，還兩次向康熙上奏曰：「臺灣一地原屬海外，土番雜處，未入版圖。」「臣竊見此地自天地開闢以來，未入版圖。」說明「臺灣自古以來是中國領土」之說全無根據。而施琅謀臺另有所圖，實為自己謀名利。賴教授指施琅在臺灣搜括田地、港口收費所累財富，已是臺灣史上最大的貪污案，其不法侵佔長達二百年。四百年來臺灣人對施琅的憤懣，是大陸人完全不知道的，臺灣人尊崇鄭成功是「開臺聖王」，神主牌所在多有，施琅則只在澎湖一祠堂受到祭祀。
總之，這段歷史清楚表明，臺灣是在康熙年間才正式納入中國版圖，迄今不過三百二十年，由於中國傳統的大陸鎖國概念，攻臺之戰不同於征服三藩、噶爾丹、西藏及抗擊沙俄，既非守土安疆，亦非擴張領土，如果沒有鄭成功政權的抗清復明活動，清廷未必有「統一」意願。而早施琅攻臺二十年之鄭成功擊敗荷蘭佔領臺灣，也只是為了建立一個反清基地。迄今亦僅三百四十年。
一八九五年馬關條約，清廷將臺灣割讓日本以來，臺灣與中國大陸分裂分治又超過了一百年，今日臺灣問題的解決，乞靈於康熙施琅的攻臺成功，大加渲染，恐怕並非善策，因為今天時空條件已經大大不同於康熙時代。
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