在塔利班(Taliban，或譯為神學士)政權垮臺之前，控制了阿富汗90%以上的領土，而在塔利班掌權的幾年之間，阿富汗是各國恐怖份子聚集的大本營，包括北美、歐洲、非洲、中東、中亞、南亞和東南亞的回教激進派團體，都以阿富汗做為訓練基地，和發動恐怖攻擊的根據地。其中最主要的，就是涉及多起恐怖案件的奧薩瑪賓拉登(Osama bin Laden)，他從1996年起以客居的身份住在阿富汗，來指揮旗下的基地(al-Qaeda)恐怖組織發動攻擊。
車臣共和國 (Chechen, Chechenya)
自1991年宣布脫離俄羅斯聯邦以來，車臣三度(1994、1996、1998)遭到俄軍大規模入侵，而車臣人也在各地以爆破的方式攻擊俄國人。俄方宣稱，這個以回教徒佔多數的自治共和國，和賓拉登集團掛鉤，並派人到阿富汗接受恐怖訓練。在911事件之前，西方國家一直批評俄羅斯鎮壓車臣，但911之後，西方國家態度完全改變，俄羅斯在車臣問題上也更為強硬。
印度 (India)
最主要的恐怖活動是喀什米爾地區的哈拉喀特聖戰士(Harakat ul-Mujahiden)所發動，而印度政府也採取若干措施打擊恐怖份子。另一方面，印度除了簽署國際反恐怖公約，也和美國合作，成立跨國的反恐怖工作小組。
巴基斯坦 (Pakistan)
雖然巴基斯坦政府在911事件之後，公開表態支持美國，美國政府正式指控包庇恐怖份子的國家，也不包括巴基斯坦。但是美方各種官方報告指出，活躍於喀什米爾地區的哈拉喀特聖戰士(Harakat ul-Mujahiden)組織，是巴基斯坦在幕後支持，該組織也在巴基斯坦境內募集資金、徵召新人。
另外，塔利班政權和原本以阿富汗為根據地的基地(al-Qaeda)組織，也在巴基斯坦有不少的支持者。巴基斯坦境內有不少的回教學校--madrasas，實際上是恐怖組織吸收、培養新人的場所。
巴基斯坦軍方內部有不少同情塔利班和奧薩瑪賓拉登的人，對於總統穆夏拉夫(Pervez Musharraf )支持美國對阿富汗的軍事行動極為不滿，正伺機推翻穆夏拉夫，也形成政局不穩的因素。
中東地區 (Middle East)
埃及 (Egypt)
埃及的情況和巴基斯坦相當類似。執政當局支持美國、親西方，但境內回教激進派團體相當活躍。埃及是現代回教基本教義派--回教兄弟會(Muslim Brotherhood) --的發源地，目前也是回教聖戰組織(al-Jihad)的根據地。回教聖戰組織其中一個派系並加入奧薩瑪賓拉登(Osama bin Laden)的「世界伊斯蘭陣線」，其領導人札瓦西利也成為賓拉登重要的幕僚。
以色列、約旦河西岸及加薩走廊
(Israel, West Bank and Gaza Strip)
自以色列建國以來，以巴勒斯坦人為主的恐怖活動就不斷發生。(有關巴勒斯坦相關的恐怖組織，以及巴勒斯坦問題，請參閱『恐怖組織簡介』、『巴勒斯坦問題』)。而激進的猶太人組織也顰頻攻擊巴勒斯坦人，而溫和派、主張和巴勒斯坦和談的猶太人也會遭到攻擊。
約旦 (Jordan)
前後兩任國王--胡笙與阿布都拉--都持親西方立場，並積極鎮壓境內的極端份子。約旦允許巴勒斯坦回教聖戰組織(Palestine Islamic Jihad)等團體在境內有限度的活動，但保持密切的監視。至於哈瑪斯成員，則是只能住在約旦，而不能有任何活動。
黎巴嫩 (Lebanon)
黎巴嫩政府雖然也採取若干反恐怖措施，但政府無力管理包括貝卡山谷、貝魯特南郊、巴勒斯坦難民營、黎巴嫩南部等地區，境內的黑市也有大量槍械和爆裂物流通，讓黎巴嫩成為恐怖份子的溫床。恐怖團體以巴勒斯坦極端份子為主。
沙烏地阿拉伯 (Saudi Arabia)
沙烏地不僅公開譴責911恐怖行動，也立刻和塔利班斷絕外交關係。而早在1994年，沙烏地就取消了奧薩瑪賓拉登(Osama bin Laden)的國籍。不過，沙國身為回教的發祥地，也是古代正統回教的源頭，向來以回教世界盟主自居，因此在譴責恐怖主義，並與美國保持軍事合作之餘，沙烏地在美國攻打塔利班時，未准許美軍使用境內基地，另一個顧慮也是避免國內民眾反彈。
葉門 (Yemen)
葉門和黎巴嫩很類似，政府採取了若干反恐怖措施，但是執法不力，一些偏遠地區成為恐怖團體窩藏的地方。包括哈瑪斯、巴勒斯坦回教聖戰組織、埃及的回教聖戰組織、阿爾及利亞的武裝伊斯蘭團等，都在葉門設有分支機構。
伊朗 (Iran，支持恐怖主義國家)
雖然伊朗已經由象徵改革派的卡塔米當選總統，但多數機構，如革命衛隊、情報及安全部等，仍由激進派掌權，這些機構成為支持恐怖份子的主要力量。受伊朗支持的包括哈瑪斯、巴勒斯坦回教聖戰組織、真主黨、巴勒斯坦人民解放陣線總司令部，以及土耳其的庫德工人黨。
伊拉克 (Iraq，支持恐怖主義國家)
受伊拉克包庇的恐怖組織，包括巴勒斯坦的阿布尼達爾組織(Abu Nidal organization)和伊朗的聖戰士組織Mujahedin-e Khalq Organization (MEK or MKO)。
利比亞 (Libya，支持恐怖主義國家)
利比亞領導人格達費(Qadhafi)聲稱該國已採取反恐怖的立場，驅逐阿布尼達爾組織成員，承認巴勒斯坦自治政府是巴人唯一合法代表。更重要的是，利比亞在1999年，交出涉及1988洛克比環航爆炸案的2名嫌犯。不過，利比亞政府並沒有完全配合聯合國決議，包括適度賠嘗、斷絕支持恐怖團體等等。而利比亞據說也一直和巴勒斯坦回教聖戰組織(PIJ)和巴勒斯坦人民解放陣線總司令部(PFLP-GC)保持關係。
敘利亞 (Syria，支持恐怖主義國家)
巴勒斯坦人民解放陣線總司令部(PFLP-GC)、巴勒斯坦回教聖戰組織(PIJ)的總部，都設在敘利亞首都大馬士革。哈瑪斯也在敘利亞有分支機構。不過近來敘利亞的政策有改弦更張的跡象，首先是勸說受包庇的恐怖團體，設法放棄暴力鬥爭路線，並配合國際監督黎巴嫩南部和以色列北部的平民不受恐怖攻擊。而在911事件後，敘利亞也發出譴責聲明。
非洲 (Africa)
蘇丹 (Sudan，支持恐怖主義國家)
各主要恐怖組織，包括基地(al-Qaeda)、真主黨(Hizballah)、回教聖戰組織(al-Jihad)、巴勒斯坦回教聖戰組織(PIJ)、哈瑪斯(HAMAS)、阿布尼達爾(Abu Nidal)，都以蘇丹為重要的根據地之一。聯合國雖一再要求蘇丹斷絕與這些組織的關係，但蘇丹政府相應不理。
東亞 (Eastern Asia)
日本 (Japan)
在發生東京地下鐵沙林毒氣案(1995年3月)之後，日本政府除了將奧姆真理教的成員逮捕、判刑，也採取了一連串加強執法的措施。包括立法授權政府將奧姆真理教的財產充公，用來賠償沙林毒氣案的受害人。日本政府也考慮將奧姆真理教定為非法組織。至於另一個主要的恐怖團體--日本赤軍，日本政府也設法從黎巴嫩和泰國將赤軍成員引渡回日本。
菲律賓 (Philippine)
主要的恐怖團體分為兩種，一種是主張共產主義、反美的新人民軍，另一種是回教極端份子，如阿布薩雅夫(Abu Sayyaf Group，ASG)。新人民軍和菲律賓共產黨原本和政府展開談判，但因不滿政府和美國簽署軍事演習合作協議，停止談判。阿布薩雅夫持續在菲律賓南部從事綁架、勒索等活動，並與菲國軍警衝突。另一個回教分離主義團體主義團體--莫洛回教解放陣線(Moro Islamic Liberation Front，MILF)，也是和政府打打談談。莫洛陣線和阿布薩雅夫都和奧薩瑪賓拉登有來往。
北朝鮮 (Korea, North，支持恐怖主義國家)
1970年劫持日航班機到北朝鮮的日本赤軍份子，目前還是受到北朝鮮的包庇。北朝鮮也持續供應武器給各國的恐怖團體。至於北朝鮮本身，也有兵力龐大的特戰部隊和特務，分別對韓國、日本、中國進行間諜工作，包括刺殺企圖投誠的北朝鮮人，綁架韓國人或日本人到北朝鮮。詳細資料請參閱「北朝鮮特戰部隊」。
拉丁美洲 (Latin America)
古巴 (Cuba，支持恐怖主義國家)
西班牙的「巴斯克祖國與自由運動 (Basque Fatherland and Liberty，ETA)」成員，受古巴庇護已有數年之久。此外，哥倫比亞兩支左派游擊隊「哥倫比亞革命軍(Revolutionary Armed Forces of Colombia，FARC)」和「民族解放軍(National Liberation Army，ELN)」，都在古巴有常設辦事處。
哥倫比亞 (Colombia)
兩支左派游擊隊「哥倫比亞革命軍(Revolutionary Armed Forces of Colombia，FARC)」和「民族解放軍(National Liberation Army，ELN)」，多年來擁兵自重，主要以販毒和綁架勒贖等手段來籌措財源。哥倫比亞軍方在1999年設立了第1支反恐怖特戰營。不過，政府還是希望以和平談判來解決。
秘魯 (Peru)
在日裔的籐森總統(Fujimori)下臺前，秘魯政府打擊恐怖主義已經有相當不錯的成績。包括「光明之路(Sendero Luminoso，Shining Path，SL)」和「吐裴阿瑪魯革命運動(Tupae Amaru Revolutionary Movement，MRTA)」，都在秘魯政府的強力鎮壓之下，幾乎銷聲匿跡。
東歐 (Eastern Erope)
科索夫 (Kosovo)
名義上仍是南斯拉夫聯邦當中塞爾維亞共和國所屬的自治區，但在1999年上半年的科索夫戰爭後，塞爾維亞人部隊在1999年6月撤離，由美、英、德、義、法等北大西洋公約組織國家派遣科索夫維和部隊(Kosovo Peace-Keeping Force，KFOR)維持秩序。
反抗塞爾維亞人統治而主張獨立的，是佔科索夫人口90%的阿爾巴尼亞裔回教徒，其武裝組織稱為「科索夫解放軍」，在戰爭後一部分由北約部隊繳械，一部分流竄進入鄰國馬其頓(1991年脫離南斯拉夫而獨立)，並在2001年和馬其頓政府軍爆發戰鬥。據傳這批回教部隊受到奧薩瑪賓拉登的支持。
波士尼亞-赫塞哥維納
(Bosnia and Herzegovina)
和科索夫的情況類似，也是基督徒(信奉東正教的塞爾維亞人)和回教徒(波士尼亞人)之間的對抗。該地區目前也有國際維和部隊進駐，而當初反抗塞爾維亞人統治的回教部隊中，有不少是來自外國的阿拉伯人，包括受賓拉登支持者在內。
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