陳水扁嫡系愛將余連發接掌後備司令部

此外，海軍副總司令林鎮夷中將晉升為上將，並調升為參謀總部副參謀總長，現任副參謀總長費鴻波上將則調任國防大學校長，原國防大學校長謝建東上將及後備司令部司令陳禮端上將二人，都將轉任總統府戰略顧問。

中將部分，陸軍方面，馬祖防衛司令部司令程士瑜中將調任國防部作戰計畫次長，陸軍準則會主委陸小榮調任馬防部司令，作戰計畫次長吳斯懷調任陸軍準則會主委；海軍方面，國防部常務次長雷光墅、海軍艦隊司令王立申調升海軍副總司令，國防部長辦公室主任李仲威出任國防部常務次長，國防部戰規司長高廣圻出任海軍艦隊司令。

此外，作戰計畫次長室執行官梁功凱少將升任國防部戰規司長，海軍戰訓署長陳永康任國防部長辦公室主任一職。