明代宦官有一系列的管理制度，包括選用制度、管束制度、獎賞制度、病老喪葬制度等。
選用制度。當時規定，凡自願閹割要求成為宦官者，事先必須得到官府的批准。明代曾規定，一家有四五個孩子以上、願意將其中的一個孩子閹割者，由相關部門登記造冊，待收補之日選用，如果私自閹割，一經發現，課以重治，鄰居知而不報者，一併治罪。但是，這一規定並未能嚴格遵行。從明代錄用宦官的實際情況來看，除了按照規定報名就閹、候補收用者之外，朝廷還大量直接錄用了那些未經報名起送而私自至京的自宮者。明代宦官錄用事務的主管機構為禮部。但是，隨著司禮監地位的不斷提高，錄用宦官事務逐漸由司禮監會同禮部辦理，宦官機構在實際上已擁有相當的決定權。
管束制度。在明朝初年，明太祖明確規定，"寺人不過侍奉灑掃，不許干與政事"。除此之外，明廷還曾陸續制定了一些有關宦官管束懲罰的具體制度。宦官犯法，照例由司法機構逮問治罪。或下刑部獄，或下都察院獄，或下錦衣衛獄，並由法司議罪。為了懲治宦官在外犯法，明廷還特意強調了"有司"懲治犯法宦官的職權。對犯法宦官的懲罰方式，主要包括死刑、籍家、革職、革蔭、降職、調斥、杖笞等。
明宣宗賜宦官銀皿獎賞制度。宦官因功勞或因受到君主寵幸，除擢陞官職外，其他獎賞方式還有賜金銀、加祿米、賜免死詔、賜印記、賜敕旌勵、賜祭賜祠、父母授（贈）官號、弟侄族人蔭官授爵等。
病老喪葬制度。宦官年老有病，多退居京城內外各寺廟，供給柴米、冬衣、靴料，以頤享天年。宦官供職內廷期間，如患病可到安樂堂就治，病癒後銷假繼續供職。如果病故，則由內官監給棺木，由惜薪司給焚化柴，抬至淨樂堂焚化。地位較高的宦官死後，可以特旨賜葬並建造碑亭享堂。
明初，內廷宦官機構開始設立。明太祖統治期間，宦官機構及有關職官設置變動頻繁，宦官數量不斷增加，相關機構逐步膨脹。到洪武年間，明代宦官機構及職官設置已基本形成定制。明代的宦官機構，以"二十四衙門"為基本主體。二十四衙門包括有十二監、四司、八局。宦官除在內廷任職之外，還能出任各種外差使職。按照原來的規定，這二十四衙門主要只是在皇帝周圍服役、為其生活服務的部門。但事實上，明代的宦官已經發展成為極其重要的政治勢力，不但掌管了宮廷內有關飲食起居的一般事務，還控制了全國的軍政要務。
司禮監是明代宦官二十四衙門中的首席，也是整個宦官系統中權勢地位最高者，司禮監"無宰相之名、有宰相之實"。明代歷代擅政的宦官如王振、劉瑾、馮保、魏忠賢等，均為司禮監太監。司禮監的職權主要有三項，一是批答奏章，傳宣諭旨，這是司禮監最重要的職權；二是總管有關宦官事務，司禮監不僅在各宦官機構中處於"第一署"的地位，而且實際上也居於總管、統領其他宦官機構的地位；三是兼顧其他重要官職，當時宦官系統的其他一些重要官職，如東廠提督、南京守備等，或專由司禮兼領，或為司禮外差，這也是司禮監職權的一個重要方面。御馬監銅牌司禮監的第一項職權成為歷史上宦官所擁有的最大權力，也是明代司禮監權勢顯赫的根本原因。
其他十一監是：內官監（主要掌管採辦皇帝所用的器物，如圍屏、床榻、桌櫃等）、司設監（掌管卥簿、儀仗、圍幙、帳幔、雨具等）、御馬監（主管內府馬政）、神宮監（掌管太廟及各廟的灑掃及香燈等）、尚膳監（掌管御膳、宮內食用和筵宴等）、尚寶監（掌管寶璽、敕符、將軍印信）、印綬監（掌管古今通集庫以及鐵券、誥敕、貼黃、印信、圖書、勘合、符驗、信符等）、直殿監（掌管各殿及廊廡灑掃之事）、尚衣監（掌管皇帝的冠冕、袍服、靴襪等）、都知監（起初負責各監行移、關知、勘合等事，後來專門跟隨皇帝，負責導引清道）。
宦官四司是：惜薪司（掌管宮中所用柴炭和二十四衙門、山陵等處內臣柴炭等）、鐘鼓司（掌管皇帝上朝時鳴鐘擊鼓以及演出內樂、傳奇、過錦、打稻等雜戲）、寶鈔司（掌管造辦粗細草紙）、混堂司（掌管沐浴之事）。
宦官八局是：兵仗局（掌造軍器，包括刀槍、劍戟、鞭斧、盔甲、弓矢等各類兵器）、銀作局（負責打造金銀器飾）、浣衣局（該局是二十四衙門中唯一不在皇宮中的宦官機構，局址在德勝門以西，由年老及有罪退廢的宮人充任）、巾帽局（掌管宮中內使帽靴、駙馬冠靴及藩王之國諸旗尉帽靴）、針工局（負責製作宮中衣服）、內織染局（職掌染造御用及宮內應用緞匹絹帛之事）、酒醋面局（掌管宮內食用酒、醋、糖、漿、面、豆等物）、司苑局（掌管宮中各處蔬菜瓜果及種藝之事）。
可見，明代宦官的組織機構和職權都達到了最高點，職權已滲透到社會生活及宮廷生活的各個方面，二十四衙門已大大超過了明代以前宦官組織機構的規模，但是，明代宦官的組織機構絕還不僅僅限於這二十四衙門。在二十四衙門以外，明代宦官還擁有相當多的組織機構。如內府供用庫、司鑰庫、內承運庫、廣盈庫、廣惠庫、廣積庫、御酒房、御茶房、牲口房、刻漏房、更鼓房、盔甲廠、林衡署、織染所、安樂堂等。
明代的宦官人數到底有多少，史書上並無明確記載。但從整體上講，隨著時間的推移，明代政治的日趨腐朽，宦官的人數呈急劇增加的趨勢，由明初的數百人發展到明末的數萬人（一說七萬人，一說十多萬人）。比如在正德十一年（1516年）就一次錄用自宮者3000多人，從萬曆元年至萬曆六年之間，兩次從自宮者中就錄用了6000多名宦官。
歷代宦官都沒有什麼學問。明朝也不例外，如大宦官劉瑾就是個文盲，魏忠賢連自己的名字都不認識。但明朝的宦場上有一個有趣的現象：宣宗時設立了內書堂，用今天的話來說就是宦官學校。宦官學校收容了十歲以下的學生兩三百人，司禮監總督任校長，學長由德高望重的長者擔任，請翰林院的學士來教導學生。宣德四年（1429年），具有小學士頭銜的禮部尚書陳山擔任教師。學生所研讀的課本是《百家姓》、《千字文》、《孝經》及《四書》、《千家詩》、《神童詩》之類。評定成績的標準是以背誦能力和字體的工整度。成績特別低劣和犯規者，由老師登記在成績表上交給總督。明朝第一個開始專權的宦官王振就出自內書堂。
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