蒙医学是蒙古民族以传统医疗实践经验为基础，吸收藏医及古代印度医的部分基础理论和汉医知识所形成的独特而完整的民族医学体系。
13世纪初，元太祖成吉思汗统一全蒙古民族以后，同国内各兄弟民族，特别是同汉族之间的往来更加密切，与印度、阿拉伯和欧洲等国家和地区的通商及文化交流也随之开始。于是蒙古民族的经济文化也得以发展，有了手工业，创造了蒙古文字。西藏医学家宇妥·元丹贡布所著的《四部医典》里，也有"蒙古灸"的记载，并在《宇妥·元丹贡布传略》一书中提到"蒙古放血疗法"。常年驰骋在广阔草原上的古代蒙古人，经常发生战伤、摔伤、骨折等疾病，客观要求他们不断摸索克服这些病症的方法。因此，正骨、正脑疗法也是早期蒙医的重要内容之一。还有对伤口的"烧灼疗法"、重伤者的"腹罨疗法"(即把牛或骆驼的腹腔剖开，将伤者放 入，利用其温施疗)。
在元代，饮食疗法得到较为系统的总结和发展。著名的元代宫廷饮膳太医、蒙古族营养学家忽思慧所著的《饮膳正要》中，记载大量的蒙古族饮食卫生及饮食疗法的内容。如常用的马奶、牛骨髓、乳酪及营养卫生的内容在该书中占有相当的比重。此书在祖国医学营养学中占有重要的历史地位。蒙汉两族医药很早就有交流。随·巢元方《诸病源候论》中就载有很多北方民族的医疗卫生知识。许多北方少数民族医家则致力于研究汉医，并介绍到蒙古地区。如宋《圣济总录》在南宋时即已散失，后由"夷狄"所存的抄本得以保存。辽代的耶律庶成则把一些汉医学的方面的书译成少数民族文字广泛传播。还有直鲁古写出《脉诀针灸书》一卷受到中原人民的重视，在明人陈弟编的《世善堂藏书目录》中仍有著录。元代蒙医学家沙图穆苏用汉文撰成《瑞竹堂经验方》十五卷，书中反映出蒙医学的某些特点，如治疗风寒湿痹的方剂较多，该书所载方剂达数百首，其中有些方剂实用而有效，至今仍为医家所乐用，如《八珍散》、《四味香附丸》等方剂，均出自该书。用沙漠中生长的地锦草乳汁治疗创伤的方法，至今仍在应用。森林地带的蒙古人对草药的知识尤为丰富。如14世纪拉西德丁所著的 《史集》中记载："兀刺速惕、帖良古惕和客思的迷等这些蒙古部落的人，不但熟悉蒙古药剂，并以蒙古疗法医病之事，颇有盛名。
随着与国内各兄弟民族和阿拉伯、印度以及欧洲国家之间的经济文化交流不断发展，蒙古肉苁蓉和动物性药物传到内地和国外；同时，内地和外国的药物也传入蒙古地区，促进了蒙药的发展。
14世纪，蒙古族翻译家沙拉布僧格，将古代印度巨著《金光明最胜王经》从维文、藏文译成蒙文。在该书第24章里摘述《圣心八部医法秘书》中的"平息由赫依、希拉、巴达干引起的疾病和聚合性病症的理论"。随而古代印度医学的部分基本理论初次传播于蒙古地区。16世纪，明代中、末叶随着西藏喇嘛黄教输入蒙古，藏医也随之而来到蒙古地区。1576年，藏医经典著作《四部医典》传到蒙古。印度佛教巨著《丹珠尔经》于17世纪末被译成蒙文其中包括古代印度医学巨著《寿命吠陀(八支心要集)》。对蒙医的发展起了重要作用。蒙医吸收了藏医学及古代印度医学的以阴阳、五元学说为基础的赫依、希拉、巴达干理论和七要素理论以及汉医知识，结合蒙古地区特点及民间疗法，创造性加以改造和发展。在18世纪时，已经形成了以寒热理论为主导的理论体系。涌现出许多蒙古族医学家，编写注解和补充《四部医典》的书以及其它医著，对蒙医学的发展做出很大贡献。
在《四部医典》里，对寒热症，虽有"所有疾病归纳起来有寒热两类"的观点，但没有专述"寒症"的篇章。18世纪蒙古族医学家伊希巴拉吉尔，将《四部医典》的理论同多发寒症之蒙古地区的特点和蒙古传统医学的《寒症》理论加以结合，在他所著的《甘露四部》中，把"寒症"、"热症"两章列于"十要症"之首位，并写了"寒热相搏"、"寒热互相转化"等数章，丰富发 展了"寒热症理论"。
关于六基证，在《四部医典》里只归纳为寒热两类，而末提为基证。伊氏在《甘露之泉》中，对生理、病理、诊断、治疗原则和方法等，从理论上作了精辟阐述。并提出："在赫依病、希拉病、巴达干病三病之上，加血病、黄水病和虫病三者则为六基证"。又在《甘露点摘》一书中，伊氏重点论述临证各科疾病的治疗外，还附加了腹泄剂等7种疗法和温泉浴等5种术疗，并对他提出的"六基证"理论作了进一步的补充。外科学方面的理论和技术也有很大发展。如清代蒙医、杰出的手术家绰尔济墨尔根对于纠正四肢不能屈仲的关节脱臼、骨折等，常能手到病除，整复如旧。同代蒙医觉罗·伊桑阿，采用冰冻麻醉法，切开整复粉碎骨折，使其联缀，然后用桑白线缝合，效果很好。他还招收了许多徒弟，在传授医术方面进行严格训练，作出很大贡献。雍正六年(1728年)，俄罗斯还派遣了徒弟，向他学习蒙古正骨术。伊希巴拉吉尔把蒙古正骨术、创伤医治术等传统医疗经验结合理论编写了很多文章；如在《甘露四部》中，他详尽地论述了"创伤医治术"、"骨伤疗法"、"脱臼复位术"和"脑震荡疗法"等之理论与实际操作的内容。
对疾病的诊断方面，有奠基于《四部医典》理论的、以问、望、切三诊为主的诊断学。18世纪，罗布僧苏勒和木写的《脉诊概要》和伊希巴拉吉尔的《甘露之泉》的"诊病之法"章里所述的"切脉、检尿、问诊、凭经验诊察、舍取诊察"等五种诊察法；伊之《白露医法从新》中的外伤和脱臼的诊察法，《甘露点滴》中的"蒙古正脑术"等，都是把传统诊病方法与理论相结合的产物。又如罗布桑却因泊勒的《蒙医药选编》、吉格木德丹金扎木苏的《观者之喜》、伊喜丹增旺吉拉的《珊瑚验方》等书，对疾病的诊断，均有专章论述。随着医疗技术的更加提高和理论体系的更加完善，按人体结构和疾病种类，逐渐有了分科。如伊氏的《白露医法从新》，是一部以临证各科为主的著作，分成内科、热病科、传染病科、五官科、脏腑病科、妇科、儿科、杂病、胎疮、外伤、突发病以及各种中毒症等十三个大科。并附入脉诊、尿诊、腹泻剂、脉泻剂、涌吐剂、配药须知事项、药物炮制法，灸针放血穴位等内容。蒙古人在几百年前首先发现鼠疫的传染源之一旱獭，伊氏写入了本书。
医学教育方面，古时，医学教育主要由祖、父辈传授于子孙，或者拜师学医。后来到明末清初，象绰尔济墨尔根、伊桑阿等名医，以带徒方式培养继承人。17世纪以后，随着喇嘛黄教的传布，蒙古各地修建很多寺庙，较大的寺庙里成立了叫"满巴拉仓"的蒙医学校，开始进行有组织有系统的医学教育。这种学校虽属寺庙，且有佛学教育的形式，徒弟皆为喇嘛，但在当时历史阶段，成为医学教育的基地而为蒙医学的发展起到应有的作用。如近代著名蒙医学家多数出自这种学校。
蒙医理论体系
蒙医学的理论体系是以整体观念为指导的朴素的唯物论和自发的辨证法为主导。在蒙医学理论中阴阳，五元、三根、七素、三秽是生理、病理、诊断治疗原则的辨证理论基础。
蒙医学自古以来以阴阳变化的相互关系来说明人体的组织结构、生理功能、病理变化疾病的诊断和治疗以及确定治疗原则。
五元学说成为蒙医学理论体系的纲要，分别归属于土、水、火、气、空。蒙医学认为人体是一个统一的有机整体，其各个部分之间都有密切联系，这种相互联系和构成，均和五大元素密切相关。
三根是人体赖以进行生命活动的三种能量和基本物质——赫依、希拉、巴达干的简称。三根的功能不仅表现在正常的生理活动中，同样也表现在异常的病理变化中。
七素为构成人体的基础物质——饮食精华、血、肉、脂肪、骨、骨髓及精液。七素在有机整体的内部运动中属阴性范畴，有显示人体第二特性的作用。七素内部也存在着引起矛盾运动的因素。
所谓的三秽指人体吸收食物的养分后，污物、残渣以大便的形式排出体外；存在于人体内的糟粕以尿的形式排出；汗液能使皮肤润洁，起固表的作用。
病理学是以阴阳学说为主导，以人体基本组成部分之五元、三根七素的相对抗关系为基础，研究发病原因、因素、病变过程，同时分析研究病因、发病部位及疾病本质的学科。
诊断学是蒙医学的重要组成部分。它是以蒙医学基础理论为依据，指导临床实践的一门科学。在基础理论的指导下，以问、望、切三诊方法从整体观念出发，重视疾病的客观反映与内在病变的联系，对疾病进行行之有效的诊断。
蒙医学中以重治病因为前提的原则是治疗疾病时必须坚持的基本原则，也是就是治疗原则。其一，针对病因施治，其二，结合病情，辨证施治。
蒙医学根据自己的理论体系，研究人体形成，生长发育，衰老，死亡等生命活动的规律，在此基础上，开展防病治病和使人延年益寿的工作。任何医学理论体系都来 源于临床实践，又反过来指导临床实践的。蒙医学也不例外，在漫长的历史发展中与疾病斗争中积累了丰富的传统医疗实践经验，在朴素的唯物论和自发的辨证法思 想的影响和指导下，不断地得到充实和提高逐步形成了独特的民族医学理论体系。
阴阳学说
阴阳学说是我国哲学的一对范畴。古代思想家用以解释自然界一切事物相互对立而又统一的朴素的唯物论和自发的辩证法思想。民族社会时期的北方诸民族把上天看 作获生的根源-——阳，把世界看作上天的征兆——阴。据蒙古古代史及许多文学艺术作品中记载，古代蒙古人称苍穹为"父天"，称世界为"母地"。这是在蒙古民族中形成阴阳概念的根源。蒙医学理论就是在对自然界有了这种认识的基础上发展起来的。从元代开始蒙古人能够应用阴阳概念来解释医学的某些内容，到16世纪末，阴阳学说成为蒙医学理论体系的重要组成部分。阴阳学说认为，世界是物质性的整体，是阴阳二气对立统一的结果。所以宇宙间的任何事物都包含着阴阳相互对立的两个方面。如白昼和黑夜，晴天与阴天，热与冷、动与静等。一般地说，凡是活动、上升的、明显的、进行的、无形的、轻清的、功能亢进的或属于功能方面的都属于阳；而凡是静止的、下降的、隐晦的、退行性的、有形的、重浊的、功能衰退的或属于物质方面的都属于阴。例如，天和地，则天为阳，地为阴。因为天在上，故属阳，地在下，故属阴。火与水，则火为阳，水为阴。因为火性热而上炎故属阳，水性寒而下走故属阴。从事物的运动变化来看，当事物处于沉静状态时便属 阴，处于躁动状态时便属阳。由此可见，阴阳即可代表两个相互对立的事物，也可代表同一事物内部所存在的相互对立的两个方面。
事物的阴阳属性还具有无穷的可分性，即阴阳之中还可以再分阴阳。昼与夜，昼为阳，夜为阴。但白昼之中又可以有上午与下午之分，则上午为阳中之阳，下午为阳中之 阴。夜又有前半夜和后半夜之分，则前半夜为阴中之阴，后半夜为阴中之阳。由此可见，宇宙间的任何事物都可以概括为阴和阳两类，任何一种事物的内部又可分为 阴阳两个方面。而每一事物中的阴或阳的任何一方，还可以再分阴阳，以至无穷。
阴与阳两个方面，既是对立的，又是相互依存的，任何一方都不能脱离另一方而独立地存在。没有阴就无所谓阳，没有阳也无所谓阴，犹如没有上就没有下，没有下 就没有上一样。所谓寒，是相对热而言，若没有寒，热也就无从谈起。因此，阴阳之间是相互依存、相互消长的，每一方都以另一方为存在条件。如构成人体和维持 生命活动的决定性因素——五元与七素致病因素——三弊与七素，由偏盛偏衰及紊乱所引起的疾病与四施；构成人体之父母精血，热症与寒症等都无不以另一方为其存在的条件。但是，事物阴阳属性并不是绝对不变的，而是相对的，二者在一定条件下也可以互相转化。当阴阳两者不断的变化，发展到一定的阶段，阴可以转化为阳，阳可以转化为阴，如构成人体和维持生命活动的决定性因素--五元与七素，致病因素之三弊与七素；病因方面，由于偏盛偏衰以及紊乱所引起的疾病和四施；构成人体之父母精血；疾病本质方面热症与寒症等，都无不以另一方为其存在的条件。
阴阳学之原理反映物质与热能、结构与功能之对立统一的关系。如人体所有器官的功能，得到饮食营养才能发挥作用，相对而言，饮食营养物质则赖以胃、肠、肝等脏腑的消化功能才能变成对人体有用的滋养精华。从自然界气候的变化来解释，一年四季的往来，是阴阳盛衰和进退的一种形式。随着气候的变化，人体内的阴阳亦相应地发生变化。如春季为阳气初升，草木萌生季节，在体内则火元素所藏，血、希拉所舍之肝木脉旺盛而运行之时，故脉搏细而跳动。冬季为阴气上升，气候寒冷，水土冰冻季节，在脏腑为水元素所藏，巴达干所舍之肾水脉旺盛而运行之时，故脉搏柔和而迟缓。以上所述，就是随着自然界气候的变化导致人体内阴阳之亢盛与衰弱的现象。阳阴的相互对立、依存、消长、转化几方面的关系，是阴阳学说的基本内容。而这些内容不是孤立的，而是相互联系、相互影响、互为因果的。
蒙医学运用阴阳变化的相互关系来说明人体的组织结构、生理功能、病理变化和探求药物性能，并广泛用于疾病的诊断和治疗以及确定治疗原则等方面。
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