中國專家在內地非典型肺炎的病者身上發現衣原體，並相信這隻病菌是引致今次疫症的「元凶」，而不是本港專家指出的冠狀病毒或副黏液病毒。本港醫學界指出，病菌可用抗生素對付，與治療病毒引起的肺炎方法不同。
香港大學微生物學系助理教授黃世賢指出，衣原體為細菌，其中一種會引起肺炎、氣管炎或喉炎等病症，但病發速度較慢，也很少引致死亡，估計內地發現的可能是一種全新或變種的衣原體。衣原體不能透過空氣傳播，一般經口水或接觸傳染，可使用四環素、紅黴素等抗生素治療。
兩大發現不同病毒
上月十八日深夜，本港中文大學醫學院微生物學系教授談兆麟宣布：「我們利用基本的電子顯微鏡在病人的樣本中發現病毒，病毒屬於副黏液病毒科。」並指新發現顯示，本港醫院治療肺炎病人的藥物能對症下藥，治療方向正確。世界生組織德國熱帶流感研究中心亦找出同一致病源。
不過，一個多星期後，香港大學醫學院微生學研究小組以沙田威爾斯親王醫院以外的病例，發現一種全新的冠狀病毒，才是引起這場世紀疫症的元凶。美國疾病控制及預防中心也有相同的發現，但至今仍未有定論。
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