退缩中的明朝疆域

１３６８年（元至正二十八年），朱元璋在应天府（今南京）称帝，国号明。同年八月，明军攻占元大都，元帝北走。洪武十五年（１３８２年），明军平定云南。至此，除了元残余势力（北元）据有蒙古高原及其西北地区以外，明朝基本上继承了元朝的疆域。但明朝的疆域并不稳定，尤其是在北方和西南，处于收缩的趋势。
在东北方面，明初是以恢复元朝的疆域为目标的。特别是由于在朝鲜半岛的王氏高丽是亲元的，所以明太祖坚持以铁岭为界，在朝鲜半岛的东北部设置了屯驻军队的卫、所，与高丽发生过冲突。但到洪武二十五年，高丽由李氏取代，改而奉行亲明政策。因此明朝不再坚持在朝鲜半岛设置卫所，将这些卫所撤到鸭绿江以北，从此鸭绿江成了中国和朝鲜的界河。
在东北女真等部族地区，明朝陆续设置了一批羁縻卫、所，用以统治或控制当地民族。永乐七年（１４０９年）设置了奴尔干都司，管辖约三百多个羁縻卫、所；边境约包括今黑龙江、乌苏里江、松花江流域，北至外兴安岭以北。永乐九年又征服了苦兀，辖境扩大到库页岛（萨哈林岛）。由于属于羁縻性质，所以都司对各下属单位的控制程度差异很大，同一单位前后也不一样。
在北方，为了打击和消灭元朝的残余势力，明军不止一次发动进攻。洪武时的北界推进到了今西辽河、沙拉木伦河、内蒙古克什克腾旗、查干诺尔、阴山山脉和贺兰山一线，并设置了不少卫、所。但以后陆续后撤，到宣德五年（１４０３年），在今北京、河北、山西境内的明朝北界已经退到了长城。在今陕西、宁夏和甘肃境内的明朝疆域也是以长城一线为北界和西界了。
明朝初年，安南发生内乱，黎苍篡夺了陈氏的王位，又以陈氏绝后欺骗明朝，获得了明朝册封。不久，寮国将故安南国王之弟陈天平送到，明朝于永乐四年（１４０６年）送陈回国，被黎氏所杀。于是明朝派兵攻入安南，俘获黎苍。在没有找到陈氏子孙的情况下，于永乐五年在安南设置了交趾布政使司，置为明朝的正式政区。
但是越南脱离中国已经有四百多年，并不存在重新并入中国的充分条件，明朝的统治受到当地人民的反抗。加上一些官员处置失当，更使冲突激化。尽管明朝不断采取军事镇压，还是无法支持下去，终于在宣德三年（１４２８年）撤销交趾政司。
明初，在云南布政使司下除了正式府州外，还设有南甸、干崖两个宣抚司和十个宣慰司，以后逐渐形成了“三宣（宣抚司）六慰（宣慰司）”。明朝对它们的统治方式和控制程序并不相同，但它们都是明朝疆域的一部分。“三宣六慰”的范围除了今国内部分外，大致还包括今缅甸那加山脉、亲敦江和伊洛瓦底江以东地，泰国和寮国的北部。
１５３１年（明嘉靖十年），缅甸东吁王朝建立，逐步统一缅甸，并不断进攻明朝所属的土司。至十六世纪三十年代，“三宣六慰”全部落入缅甸手中。明朝出兵反击，收复了部分失地，并加强了边区的防守。但“六慰”中除寮国之外都已为缅甸所有，明朝仅保住了“三宣”。至此，明朝在今国界外的疆域主要还有：伊洛瓦底江上游的迈立开江以东、今云南盈江县以北地，萨尔温江以东、缅泰边界以北地以及寮国、越南北部的一些地方；其中包括当时的里麻司所在的江心坡（迈立开江和伊洛瓦底江另一条支流梅开江之间地）和茶山司所在的片马（恩梅开江至高黎贡山间地）。
明朝初建，西藏的政教领袖乌思藏摄帝师喃加巴藏卜在洪武五年（１３７２年）遣使纳贡，第二年就亲自入朝，受封为炽盛佛宝国师。明朝曾多次派使者去西藏地区，并在今西藏大部设置了乌思藏都指挥使司，在今昌都地区东部、四川甘孜和青海西南部设置了朵甘都指挥使司，在今喀什米尔地区东北部和西藏西部设置了俄力思军民元帅府；在这些机构下还分别设有主管或兼管宗教、军事、民政的阐化、阐教、辅教、赞善、护教五王，大宝、大乘、大慈三法王，俄力思三王以及行都司、万户、宣慰司、招讨司、卫、千户所等。尽管在明朝中期因国力衰落，朝廷与西藏的联系不如前期密切，但始终掌握着西藏的主权，西藏一直是明朝疆域的一部分。
今新疆、内蒙古、青海和甘肃的一部分在明朝大部分时间都外于它的疆域之外，在这些地区建立的政权主要有：
别失八里 １３７０年（明洪武三年）察合台汗国灭亡后其后裔所建，辖境包括今新疆除哈密和额尔齐斯河、乌伦古河以东北地区以外，境外巴尔喀什湖、塔什干以东和帕米尔高原。都城在别失八里城（今新疆吉木萨尔北破城子）。１４１８年（明永乐十六年）迁都亦力把里（一作亦力巴力，今新疆伊宁市），明朝人即将它改称为亦力把里。十六世纪后期，天山以北地区的东部已为瓦剌所占，其余也分裂为几部：吉利吉斯，在今巴尔喀什湖以东南一带；哈萨克，在今伊犁河流域；叶尔羌，在今塔里木河流域；土鲁番，在今天山以南东部和甘肃南部。
鞑靼、瓦剌 鞑靼的名称始见于唐代中叶，是突厥统治下的部族，以后兴起的蒙古人是其中的一支。元亡后，明朝又将蒙古高原东部蒙古成吉思汗后裔各部落都称为鞑靼。瓦剌，清以后称厄鲁特，本在叶尼塞河上游，被成吉思汗征服后成为蒙古的一部。明朝泛指蒙古高原西部和阿尔泰山一带的部族。
１３６８年（明洪武元年），元廷北走和林（今蒙古哈尔和林），１４０２年（明建文四年）取消国号，恢复部族，但各部不相统一。
１４３８年（明正统三年）以后，瓦剌首领脱颧统一了本部，进而征服了鞑靼，其子也先曾短期统一了蒙古各部。１４５４年（明景泰五年）也先死，瓦剌瓦解，各部又分裂。１４８０年（明成化十六年），鞑靼的达延汗出兵征服瓦剌，迫其西迁，又统一了蒙古各部。１６世纪前期达延汗死后，再次出现割据局面。鞑靼疆域的南界已在明长城一线，东界也已越过大兴安岭至明辽东边墙一线。