大陆西南持续干旱给素有动植物王国之称的云南带来重大影响，生态脆弱的自然保护区已经水源枯竭、湿地变小，连带影响动植物的生存和栖息。
云南资讯报以“重创”形容当地动植物生态的恶化，例如西双版纳傣族自治州的亚洲象提早半个月下山觅食；干旱让香格里拉纳帕海湿地急遽萎缩，湿地内的高原鱼也因为水少而大量死亡，以高原鱼为主食的黑颈鹤，面临着食物短缺的困境。
据了解，纳帕海是黑颈鹤越冬的主要栖息地之一，因为缺水3月份的水位已由往年的近3公尺降到了现在的30公分。
怒江州贡山自然保护区的和正军说，大旱改变了动物常年习性，迫使他们提早下山寻找水源和食物，也让野生动物的破坏农作时间提前。
在南滚河自然保护区，工作人员初步统计，最近4个月内发生的野生动物闯入农田和村庄内事件，相当于此前2年的总和。
植物生态遭破坏的还包括：昭通市巧家县药山国家级自然保护区内，已发现攀枝花苏铁大面积死亡，南华县有156株野生苏铁（国家Ⅰ级）死亡，白马雪山国家级保护区237株红豆杉、约3000株珙桐等重点保护植物零星死亡。
在动物方面，除了大象提前走出森林觅食外，还发现大量两栖类动物死亡，候鸟提前北迁，野生或云南独有动物野牛、滇金丝猴、斑羚、黑熊和狝猴等饮水困难，体质下降。更令专家担心的是，动物感染疾病传播疫病的可能性愈来愈大。
中国科学院昆明动物所专家建议，要减少干旱对野生动物的影响，应健全定位监测体系，为因应气候变化提供科学数据，其次要加强研究干旱对动物影响的途径和机制。
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