【荷爾蒙補充療法與乳癌】受女性荷爾蒙影響較久的得癌率越高，乳癌與卵巢荷爾蒙有很深的關係，月經次數越多得乳癌的危險性越高。動情激素(雌激素)會使乳腺細胞分裂活潑化，為了製造母乳而促進乳腺的分泌，因此乳腺細胞反覆地分裂越多，細胞起異變的機會亦相對的增多了。年輕女性如果摘除了兩邊的卵巢，其得乳癌的機率與他人相較只剩1/100而已，這足以證明女性荷爾蒙與乳癌之關係。
【荷爾蒙補充療法與子宮內膜癌】大部分子宮內膜癌都發生於停經後。對於停經後補充荷爾蒙，必須考慮使用者是否保有子宮。綜合文獻報告：保有子宮的婦女，不使用荷爾蒙補充治療其危險因子為1，如使用黃體素少於十天其危險因子為3.1，如使用黃體素超過十天危險因子為1.3。因此，對保有子宮的婦女，單獨給予雌激素治療會刺激子宮內膜增生，並導致子宮內膜癌。但如加上黃體素治療，不論是持續性或週期性給予(10天以上)黃體素，會減少子宮內膜增生和子宮內膜癌。對於患有子宮內膜癌的婦女而言，當治療達到完全緩解，合併雌激素與黃體素的荷爾蒙補充療法對早期(第一、二期)子宮內膜癌並非禁忌症。一些回顧分析使用荷爾蒙補充治療者其復發為2%，不使用者為12%。但是仍需要大規模前瞻性的研究，來證實荷爾蒙補充療法對有子宮內膜癌病史婦女的安全性。
【荷爾蒙補充療法與子宮頸癌】目前並無證據顯示荷爾蒙補充療法會增加子宮頸癌，有一個對照研究顯示：荷爾蒙補充療法的使用者，其罹患子宮頸癌的相對危險性為1.5。根據美國國家衛生研究院(nih)對子宮頸癌治療之共識，子宮頸癌治療痊癒後補充荷爾蒙並無其禁忌。子宮頸癌以放射線治療，當治療達到完全緩解，如給予荷爾蒙補充，一定要合併黃體素及雌激素。給予荷爾蒙治療可減少放射線治療對直腸、膀胱及陰道所引起之長期併發症，發生併發症的發生率不用者與使用者為45%比17%。
【荷爾蒙補充療法與卵巢癌 】許多流行病學的報告都有研究荷爾蒙補充療法與卵巢癌的關聯，但並無發現其明確關聯性。其中四個歐洲的研究顯示，荷爾蒙補充療法與卵巢癌有相關性，曾使用荷爾蒙補充療法的婦女，罹患卵巢癌的危險性為1.71。美國betway体育手机网 的研究也顯示使用超過十年以上，危險性稍微增加，每一萬人的發生率從4.4人增加為6.5人。另外一個綜合分析的建議是：荷爾蒙補充療法會增加侵入性類上皮細胞卵巢癌，(epithelial ovarian cancer)的發生率，其相對危險性1.15。加入黃體素治療可能降低危險性至0.5至0.6。得對過卵巢癌的婦女而言，使用單一之雌激素對其無病存活率並無不良影響。
綜論而言，荷爾蒙補充療法對更年期婦女，確有其利益，但也具危險性，諮詢專業醫師，針對個別婦女給予評估，在決定是否需要荷爾蒙補充治療，以及何種治療方式最恰當。至於以上所述癌症，經治療後，能有二年以上的緩解才給予荷爾蒙補充，則較為安全。
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