疑問一：大號寶船是否存在？
據史料記載，在鄭和下西洋的船隊中，最大的寶船長44丈4 尺，寬18丈，載重量800噸。它的鐵舵，需要二三百人才能舉動。按照今天的測量方法來看，這艘寶船長將近138米，寬56米。一些學者認為如此巨型的木帆船在中國明代不可能出現。另外，有專家認為，明永樂年間，朱棣施政辦公的大殿－－－奉天殿(太和殿)，是當時最大的木結構實體。其大小也不過寬 63.96米，深37.20米，高35.05米。而大號寶船上僅船樓的面積就大大超過了它，從封建的宗法禮儀上講，作為宦官的鄭和乘坐似乎有僭越之嫌。
對此，原海軍裝備技術部部長、北京鄭和下西洋學會副理事長鄭明認為，大號寶船是存在的，但沒有出海。鄭明認為，大號寶船並不是一種實用的船隻，它不應該是下西洋船隊中的一員。那麼大號寶船存在的意義在哪裡呢？他推測,大號寶船不被鄭和使用，但作為皇帝御用的可能性很大。
疑問二：大號寶船有多大？
學術界對大號寶船「長44丈4尺，闊18丈」的尺度仍存質疑。有學者認為，鄭和寶船的長寬比例不協調。「長44丈4尺，闊18丈」，長寬比大致為 2.4666︰1,比例之小使「寶船」看上去簡直就是一個方盒子，現存的中外船舶絕沒有腰身如此之「粗」的，這也使人對寶船的形狀產生懷疑。
寶船究竟有多大？這還有賴於實物考證。南京中保村明代寶船廠遺址是目前國內已知唯一的明代官辦造船基地遺址。1957年，有村民曾在南京寶船廠遺址發掘出一根長11.07米的舵桿；1965年，又在遺址地撈出了一段長2.21米的絞關木，據專家考證，兩米多長的絞關木，需要五六個人一起操作，能夠絞起 500公斤左右重的鐵錨。2003年到2004年間，南京市博物館在對中保村明代寶船廠遺址第六作塘考古發掘時，又發現兩根長度分別為10.1米和11米的木舵桿。
但這些尚不足以精確推算出造船廠船隻的準確規模，只能印證史料記載的明代海船的巨大規模。
疑問三：大號寶船只是擺設？
《天妃經》卷首插圖顯示鄭和下西洋船隊雄姿，圖中的船型和《武備志》「鄭和航海圖」中記載船型，當是下西洋主要船型，卻均不是大號寶船，而是長約61.2米，寬13.8米的二千料船型寶船或更小的海船。這兩幅下西洋文獻插圖可證明二千料船是鄭和下西洋船隊的主要船型，才被描繪在明代史籍中。而大號寶船既巨大，又重要，理應充當「主角」，反而不被描繪。
如果大號寶船只是擺設，那麼，當年鄭和乘坐的旗艦到底是什麼呢？鄭明發現，上世紀20年代，歷史學家鄭鶴聲先生在靜海寺廚房的牆壁上拓下的靜海寺殘碑碑文中，多次提到官軍駕乘船隻中最大的是「二千料海船」。
「這種『二千料海船』才是真正的下西洋旗艦。」鄭明說，「料」是一種容積單位。參照明代史料記載的寧波府400和500料戰船的尺度，「二千料海船」應該長61.2米，寬13.8米，排水量1000餘噸。明代人宋應星在《天工開物》「舟車」中記載當時造船「凡舟身將十丈者，立桅必兩。」因此鄭明認為「二千料海船」應為6桅木帆船。
疑問四：船隊是怎樣編隊的？
鄭和下西洋的艦船總數在48到208艘之間。鄭和帶領的如此龐大的船隊在海上究竟如何編隊航行的確是一個值得研究探討的問題。
航行的安全距離取決於海船的航行速度，速度越快距離應該越大，速度越小則相反。就目前的航海技術來看，海上航行時船與船之間前後左右的距離一般大約應該保持在555米。如果按當時200艘左右的船隊來計畫，整個船隊的編隊應該在海面上佔據10平方公里的面積。
由於保存下來的歷史資料基本對此沒有什麼記載，所以給考證帶來了很大的障礙。有專家推測，鄭和下西洋的船隊航行是魚形編隊，也有人推測說是燕形編隊。但是到目前為止，這些推測都不是歷史學家和航海學家得出的定論，還是一個有待考證的問題。
疑問五：龐大船隊如何利用風力行進?
中國古代的木製帆船以風力為航行動力，風帆一側固定於船桅之上，航行者通過調整風帆的角度，以獲得最大的風力。古代帆船在中低緯度的海面上航行，季風的作用非常重要。航海者需要對風向的季節性變化規律非常熟悉，按照不同的季節，組織不同的航行，以最大限度地利用不同時間的盛行風，盡量達到順風航行的目的。但是如何讓如此龐大的船隊都充分利用到季風，按船隊的預定航線行進是很值得研究。
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