〖抗清、投清、首征失利、復臺謀略、戰略抉擇、澎湖之戰、臺灣棄留之爭、治臺、身後〗
字尊侯，號琢公，明末清初泉州府晉江縣衙口人。
出生於農民家庭。「有識度，膂力絕人」，因家貧，幼時棄文習武，一邊幫助父親務農以補家計，一邊從師「習距陣擊刺諸技，於兵法無不兼精，遂智勇為萬人敵」。史書上說他精習兵法，但為人偏狹。
抗清
崇禎十年（1637年），十七歲的施琅便加入鄭芝龍（鄭成功之父）的軍伍，任千夫長。後剿捕泉州山賊有功，明廷特授游擊將軍，曾隨黃道周出關抗清。
清．順治三年（1646年），福建的南明王朝被清軍打垮，鄭芝龍降清。鄭成功起兵南澳抗清，以金門、廈門為根據地，到處招兵買馬。
順治六年（1649年），施琅與施顯應鄭成功邀請，到安平（今安海）加入鄭成功的隊伍，受鄭成功的器重，任左先鋒職，為鄭成功部下最為年少、知兵、善戰的得力驍將。鄭成功待他甚好，把他看成是自己的得力助手，禮遇甚渥，軍儲卒伍及機密大事悉與謀。施琅也一心一意為鄭成功效勞，鄭軍自樓艦、旗幟、伍陣相應之法，均是施琅傳授的。施琅還率鄭軍攻漳浦、征揭陽，抗擊清軍，戰績輝煌。
投清
據《先王實錄》(亦稱《從征實錄》）、《賜姓始末》等書的記載，施琅甚有才幹，但恃才倨傲，屢忤成功，早引起鄭成功的惱怒。
清．順治七年（1650年），清軍攻佔廣州，南明．永曆政權危在旦夕。施琅主張不救，鄭成功不聽施琅勸告執意南下救援，施琅也只好於1651年在南澳下願南下廣東勤王，結果救援不了還損失慘重。
1651年，鄭成功率師至南頭，鄭軍嚴重缺乏糧餉，基本上依靠擄掠，其對象說是土豪，但實際上包括了廣大老百姓。更為嚴重的是搶掠婦女，以鼓用兵。施琅強烈反對，拒不執行，還多次對鄭成功正言勸阻。鄭成功不但不聽逆耳忠言，且對施琅日益反感及不滿。後又因鄭成功命他回廈門「未還其兵權」，使得二人關係惡化。
施琅與鄭成功的個性都是衝動、爆燥的，施琅與陳斌以及右先鋒黃廷發生過嚴重的衝突，令鄭成功對施琅的印象更為惡劣，但因平時軍事鬥爭緊張，鄭成功無暇顧及解決私人矛盾問題，積怨日深，終有一天爆發了。
那是因施琅殺親兵而引起的。施琅親兵曾德因犯罪而逃匿鄭成功營部，求鄭庇護，被鄭成功提拔為親隨。施琅擒回曾德，成功得知後馳令勿殺，然施琅當時已「立殺之」。成功因此大怒。從此，兩人演成為死對頭。
明．永曆六年(1652年)四月二十日，鄭成功下令逮捕施琅及其父施大宣、其弟施顯。施琅被逮後，交由忠定伯洪習山縛於一船中。不久，施琅用計逃脫，匿藏於副將蘇茂家中，鄭成功下令搜查，但不可得。施琅出逃後，「去安平投施天福依(鄭)芝豹（鄭成功的叔父），求為排解」(見江日升：《臺灣外紀》)。鄭成功非但不接受調解，還在得知施琅逃入安平後派部下吳豐秘密去刺殺他。因施琅先已獲得情報，吳豐刺殺失敗。鄭成功在盛怒之下，竟將施琅的父親施大宣、弟弟施顯殺了，致使鄭、施關係不可挽回，仇恨不共戴天。
至此，施琅既不能回歸鄭軍，也不能久匿民間，被逼於1651年7月投清，與鄭成功對抗。
1657年，施琅以隨征攻克閩安鎮、羅星塔立功，授同安副將，統兵駐紮同安。隨後，被薦舉為同安總兵。
1661年鄭成功收復臺灣。清．康熙元年（1662年）七月二十七日，清廷升任施琅為福建水師提督。施琅上任後，自同安出發，視察沿海防務情況，同時上疏朝廷，準備著手收復廈門。
鄭成功起兵抗清以來，率軍統屬經大小戰役百餘次。在鬥爭中，雖然每多用表揚獎勵來鼓舞鬥志，但其用法嚴峻，「果於誅殺」，常以殺立威。被鄭成功誅殺的部將，單在《先王實錄》中記有姓名的多達七十餘員，有的還殺及妻兒並全家的。被誅殺者，除了有幾起定為貪污罪外，其他多是戰場上「怕死不前」者，有的不殺會影響軍心，可也有的則是不該殺的，冤案、錯案絕非僅有。這當中，殺施琅的父、弟，是鄭成功一生中最大的錯殺案。
首征失利
1661年4月，鄭成功收復了臺灣。康熙元年(1662年)五月，鄭成功在臺灣去逝，鄭氏集團遂發生分裂。在臺灣的鄭軍將領擁鄭成功之五弟鄭襲繼位，而在廈門的將領卻推鄭成功之長子鄭經繼位，雙方兵戎相見，內部陷於混亂，「每聞風聲，慌亂不堪」。清王朝認為有機可乘，曾多次派員到廈門招撫鄭經。鄭經為了減輕壓力，以便集中力量解決內部問題，遂派人與清朝談判，交出南明皇帝賜給的敕書、印璽，作出願意歸順清朝的姿態，清庭則要求臺灣人眾遷回內地，剃髮易服。康熙二年(1663年)六月，鄭氏集團內變平息，鄭經謀求割據一方，回師金、廈，率眾窺視福建，便以種種理由，拒絕履行和談條件，和談宣告失敗。
在統一和分裂的大是大非面前，施琅最先疾呼：只要鄭經不肯接受招撫，就應用武力平臺，迅速實現國家統一。
康熙的政策是「寓剿於撫」。康熙二年(1663年)十月，清．靖南王耿繼茂、福建總督李率泰發兵攻金廈兩島。由馬得功、鄭鳴駿軍隊及荷蘭船隊出泉州港向金門進攻，施琅、黃梧率隊出海澄港攻廈門。鄭經部隊寡不敵眾，金、廈失守，退守銅山（今東山）。
清政府乘機展開了大規模的招降活動。在高官厚祿的引誘下，鄭軍人心浮動。1664年，鄭軍自承天府南北總督週全斌、前提督黃廷、水師統帥忠靖伯陳輝以下數十員鎮將、總兵、都督共文武官員3985人降清。鄭軍損失兵力10餘萬人，大小戰船900餘艘，宿將精銳十去七八。面對全軍即將瓦解的嚴重局面，鄭經萬般無奈，只得放棄沿海島嶼，退出廈門，率殘部逃往臺灣。施琅建議，乘他率兵攻取金廈新勝，「進攻澎湖，直搗臺灣」，使「四海歸一，邊民無患」。
康熙三年（1964年）7月10日，清王朝授施琅為靖海將軍，週全斌、楊富為副帥，率領原鄭軍水師部隊進征臺灣。
康熙三年（1664年）十一月間，施琅選擇冬天偏北風的季節，首次率領舟師起航攻打臺灣，不料船隊航行到洋麵上遇上颶風，無法行進，只得返回，連敵人的面也沒有見到。
康熙四年（1665年）三月，施琅選擇春季第二次發兵臺灣，自銅山（東山）啟航。史料記載：「乃於本月二十六日會同眾伯、總兵官等，率領所有舟師開駕，駛入外洋。時因風輕浪平，駛行三晝夜，尚難於前行。二十八日，暫且依山泊船汲水。二十九日，再行開駕，又通東風迎面扑來，迫於無奈，返回菲羅。」這次出航的前3天雖然沒有碰到風浪，但是風力太小或無風，致使以風帆為動力的艦隊行進速度緩慢，進展很不順利，只得找地方拋錨休息與補充淡水，第4 天船隊開拔後，氣象條件又發生變化，遇到了偏東迎面的逆風無法行進，只得折回。此後的半個月裡，天氣一直不好，休整一週後，施琅率領船隊又啟程了。施琅在給皇帝的奏折中稱：「本月十六日，天時晴究，臣又會同眾伯、總兵官等，率領舟師開駕，進發臺灣。十七日午時，臣等駛入澎湖口，驟遇狂風大作，暴雨傾注，波濤洶湧，白霧茫茫，眼前一片迷漫。」這次出征後的天氣更加糟糕，航行中突然遭遇到如此惡劣的風暴，致使「我舟師不及撤回，皆被巨浪凌空拍擊，人仰船傾，悲號之聲，猶如水中發出，情勢十分危急。」風暴把清軍船隻的桅桿刮斷裂，篷帆被風撕破，船槳折斷，船艙漏水，船隊只能隨風飄蕩。所幸颶風只是把船隊吹散了，有少數小船被風浪掀翻，失蹤人員不多，損失不是很大，連施琅自己的指揮船也被吹到了南邊的廣東省潮州地界，直到二十六日才返回廈門。此後施琅被調入京，就這樣，康熙初年清軍收復臺灣的行動因氣象條件而失利，統一臺灣之事只得擱置了下來。
當時兩岸雖武裝對峙，但又都有一定的和平願望。清王朝三藩未除，經濟不穩，無力用兵海上。而臺灣鄭氏，土地初辟，人口甚少，生產落後，經濟困難，急需大陸的糧食和物資供應。且鄭部大多是福建人，離家日久，思戀鄉土，私下渡海來歸者絡繹不絕。
康熙六年（1667年），清廷派總兵孔元章，赴臺灣議撫，答應鄭經如歸順，可封「八閩王」，鄭經猶豫不決，後以「和議之策不可久，先王之志不可墜」（《海紀輯要》），拒絕清朝的招撫。
康熙六年（1667年）孔元章議撫失敗後，施琅親赴京師面陳攻取臺灣之計，上《邊患宜靖疏》，指出：「堂堂天朝，萬國賓服，豈容此余灰以滋蔓患日。」
清．康熙七年（1668年）四月，清廷任命施琅為內大臣。清王朝懷疑這些鄭氏降將暗通鄭氏集團，下令裁撤福建水師，將所有投清的原鄭成功、鄭經的官兵調至北京歸旗或分散到各省屯墾，戰船全部焚棄。
康熙七年（1668年），施琅又寫了《盡陳所見疏》，指出：「伏思天下一統，胡為一鄭經殘櫱盤踞絕島，而拆五省邊海之地方，畫為界外，以避其患？自古帝王致治，得一土則守一土，安可以既得之封疆而復割棄？」「臺灣平，則邊疆寧靖。防兵可減，百姓得享升平，國家獲增餉稅，沿邊文武將吏得安心供職，可無意外罪累。」
施琅認為，鄭氏並無「歸誠實意」，強調「從來順撫逆剿，大關國體」，不能容許鄭經等人頑抗，盤踞臺灣，而把五省邊海地方劃為界外，使「賦稅缺減，民困日蹙」；必須速討平臺灣，以裁防兵，益廣地方，增加賦稅，俾「民生得寧，邊疆永安」。他還分析了當時雙方的力量，指出臺灣「兵計不滿二萬之眾，船兵大小不上二百號」，他們之所以能佔據臺灣，實賴汪洋大海為之禁錮。而福建「水師官兵共有一萬有奇，經制陸師及投誠官兵為數不少」，只要從中挑選勁旅二萬，足平臺灣。他再次提出出兵征臺，主張剿撫兼施，從速出兵征臺，以免「養癰為患」。
1668年，在朝野主撫派一片雀雜訊中，康熙在看到施琅的奏疏之後，以「渡海進剿臺灣逆賊，關係重大，不便遙定」為名，召施琅「從速來京，面行奏明所見，以使定奪」。施琅到京後，康熙撤掉施琅的福建水師提督職務，任他為內大臣，並撤福建水師，不再議武力征臺之事。
康熙這樣做，主要是迫於形勢。表面上看，停議征臺，對施琅是貶，但實際上施琅從福建水師提督調任從一品的內大臣則貶中有褒。因為主撫派在當時佔了上峰，以鰲拜為首的中央保守勢力以「海洋險遠，風濤莫測，馳驅制勝，計難萬全」為藉口，把他的建議壓下來。而且部分朝臣對施琅不信任。當時對施琅的不利因素比較多：他不僅是明鄭的降將，而且在1664年前後兩次率兵征臺未果，損失兵丁，而當時清統治集團對明鄭降將又多不信任，曾下令把這些降清士兵官員遷往內地各省安插，對施琅當然也不可能例外。這種不信任當然也包括康熙在內。當李光地向他推薦施琅為水師提督時，康熙問李：「汝能保其無他乎？」而清政府當時又要集中力量解決其他國內大事，所以康熙也只好下令撤兵。
儘管施琅的苦心議諫被束之高閣，甚至裁其水師之職，留京宿衛，投閑長達十三年之久，但他仍然矢志復臺，堅韌不拔。
施琅認為平臺是閩海第一要務，而且必須以剿逼和，是一個堅決的主剿派，他當然也不會輕易放棄自己的主張。在京之日，他密切注視福建沿海動向，悉心研究風潮信候，認真總結兩次進征臺灣未果的教訓，「日夜磨心熟籌」；同時，四處拜訪在京任職的福建籍官員，闡述其主張，以俟起用。他「嘗於朝退休閑，翻閱歷代二十一史，鑒古今成敗及名臣言行可法者，一一具志諸胸中」，以致朝中同僚刮目相看，譽之「儒將」。
復臺謀略
康熙親政後，刑部尚書明珠奉旨入福建，主持和議，派知府慕天顏入臺，宣示招撫之意。清廷做了重大讓步，允許鄭氏封藩，世守臺灣。鄭經則提出： 「苟能照朝鮮事例，不剃(同剃)發，稱臣納貢，尊事大之意，則可矣」（江日升《臺灣外記》）。康熙則認為，臺灣是中國的領土，不能與藩屬朝鮮相提並論，答覆：「若鄭經留戀臺灣，不思拋棄，亦可任從其便。至於比朝鮮不剃髮，願進貢投誠之說，不便允從。朝鮮系從未所有之外國，鄭經乃中國之人」（《明清史料丁編》第三本）。康熙不願臺灣成為獨立於中國之外的國家，故談判破裂。
康熙十七年(1678年)七月，「三藩」亂起，「三藩」之首吳三桂起兵叛亂，另兩藩也相繼反叛，中原戰火瀰漫。遠在臺灣的鄭經與吳三桂、耿精忠勾結，趁機起事，渡海反攻，不斷騷擾廣東、福建沿海地區，佔領廈門與漳州、泉州、潮州、惠州各地，此後即以海澄、金門、廈門為據點，與清軍隔海對峙。清朝曾四次派員勸說鄭經退回臺灣，均未奏效。康熙深知平臺不是一件易事。康熙十七年(1678年），他就要姚啟聖等遴選福建水師提督，條件「非才略優長，諳練軍事不可。」據此，姚啟聖就力薦施琅。
為了防止鄭軍竄擾大陸，清朝在福建沿海重行「遷界」，強迫居民內遷十里或二十里，遍筑界牆守望，斷絕內外交通，對鄭軍實行全面封鎖。與此同時，任命曾在洞庭湖大破吳三桂有功的萬正色為福建水師提督，加緊建造戰船，編練水師，準備進攻金、廈。招降活動也從未停止，而且規模更大，條件更加優厚，如對投誠的官員保留原職或按原銜補官，士兵賞銀20－50兩不等。由於清朝的封鎖和誘降，鄭軍土地日蹙，財源枯竭，士氣低落，人心渙散，先後又有5陸鎮、 5水鎮官兵共10餘萬人降清。
轉戰數年，吳三桂失敗，鄭經孤軍難支。康熙十九年(1680年)，鄭經在金門、廈門被閩浙總督姚啟聖擊敗；二月，萬正色率水師攻下海壇，並乘勝南下廈門；海澄、丙州守將相繼投降。鄭軍水師著名將領朱天貴也率官員600餘人，兵2萬餘名，艦船300餘艘獻銅山降清。鄭經在大陸的最後一塊地盤失守，僅領千人逃回臺灣，沿海島嶼悉為清軍佔領。
從此，鄭經沉湎於酒色，不問政事，令長子鄭克臧為監國主政。康熙二十年(1681年)正月，鄭經病死，他的兩個兒子為爭奪權位而自相殘殺。康熙二十年(1681年)二月，鄭克塽的岳父、權臣馮錫範與鄭經弟鄭聰等共謀，殺死鄭經長子鄭克臧，擁立年僅12歲的鄭經次子鄭克塽嗣位。實際上，權力全掌握在馮錫範手中，形成「文武解體，主幼國疑」的混亂局面。鄭氏集團已成為一個割據政權，喪失了人民的同情和支持。
在軍事上，為了防禦清軍進攻臺灣，鄭軍加緊修理戰船，增強防禦部署。以中提督武平侯劉國軒為總督守澎湖，在澎湖修筑營壘炮臺。以左武衛何祜為臺灣北路總督，守雞籠(今基隆市)、淡水，重修西班牙人遺留下來的城堡。由於兵力不足，只得徵集鄉兵分守要口，百姓怨聲載道，變亂時有發生。
此時，三蕃之亂已經基本平定，西北噶爾丹叛亂也暫告平息，社會生產有了一定恢復和發展。康熙帝得到姚啟聖關於臺灣內部情況的密報，覺得收復臺灣的時機已到。清廷討論如何解決臺灣問題，反對武力攻取臺灣的人很多，兵部侍郎溫代、刑部尚書介山、戶部尚書梁清標為首的少數大臣極力反對收臺。康熙排除了眾多反對意見，決定採取「剿撫並用」的方針，「底定海疆」。康熙面對臺灣海峽和鄭軍現狀（約有四、五萬軍隊）以及滿清入關後連年征戰，國力不強的情況，根據賴塔、施琅和姚啟聖的意見，決定：「恤兵養民，與天下休息」，「以撫為善之方略」，「亦因剿寓撫之指針，可先撫後剿，先禮後兵」。關於「撫為善之方略」是指：「不登岸受制，不剃髮易俗，不改換衣冠的優厚條件下稱臣歸來」。這是康熙歷次招撫最優厚的政策。
當時，在鄭氏政權中有主戰和主合兩種勢力：主戰派是侍衛大臣馮錫範為代表，他積極勾結日本對抗統一，企圖成立臺灣國；主合派是以諮參軍陳永華和監國的鄭克臧（鄭成功的大兒子）為代表，主張接受康熙提出臺灣高度自治的「三不」方案。然而，鄭氏政權卻拒絕這個方案，把自己推向滅亡。
康熙二十年（1681年），清政府在平定了三藩之亂後，中國大陸已完全統一。7月，內閣學士李光地向康熙啟奏：鄭經已死，其子年幼，部下爭權，攻取臺灣時機已經成熟。
康熙二十一年（1682年）十月，清政府決定進攻臺灣。臺灣地處大海中，波濤萬頃，作戰需賴水師，滿族將士嫻習馬步，而不習水戰，必須另選將帥，訓練士卒。康熙決定起用施琅。此次重新起用施琅與施琅的同鄉大學士李光地很有關係。據《清史稿》所記，康熙曾先後兩次就福建水師提督人選事徵求過李光地的意見。第一次李答以施琅「海上路熟，海上事他亦知得詳細，海賊甚畏之」。第二次康熙就「命將」問題又一次徵求他的意見，他認為「計量起來還是施琅」。理由是施琅是「海上世仇，其心可保。又熟悉海上情形，其人還有謀略，為海上所畏」。在李光地的力薦下，幾乎沒有經過太多周折，康熙便諭命施琅為福建水師提督，加太子少保，「謀劃進取臺灣事宜」；原水師提督萬正色改任陸路提督。他讚揚施琅熟悉彼處地形、海寇情形，要「剋期統領舟師進取澎湖、臺灣」。並認為如果不派遣施琅去，「臺灣所不能定」。施琅離京赴任前，康熙又語重心長地說：「爾至地方當與文武各官同心協力，以靖海疆。海氛一日，則民生一日不寧。爾當相機進取，以副朕委任至意。」
施琅受命返回福建，相機進取臺灣。康熙二十二年（1683年）一月，施琅一到廈門，立即上疏要求專征臺灣，即軍事指揮由他獨自決策。但朝廷內部不斷有人上疏反對說：「天下太平，凡事不宜開端，當以靜為主。」在其意見被否決後，他又執意堅持，9月再次上書，力主出兵。康熙帝雖然認為人臣不該有這樣的「妄奏」，但他還是網開一面，把施琅的意見交大臣討論。大學士明珠贊成施琅的意見，認為「若以一人領兵進剿，可得行其志，兩人同往則未免彼此掣肘」，主張「著施琅一人進兵似乎可行」。有明珠的附和，康熙帝立即破例表示同意明珠意見，下令「施琅相機自行進剿」，福建總督姚啟聖只管後勤供應，與施琅和衷共濟，保證施琅出征的糧食和物資供應。康熙批准「專征」之後，施琅大受鼓舞，「日以繼夜，廢寐忘食，一面整船，一面練兵，兼工製造器械，躬親挑選整搠」，歷時數月，使原來「全無頭緒」的水師「船堅兵練，事事全備」。
大兵壓境，康熙仍沒有放棄和平爭取回歸的努力。1682年12月,福建總督姚啟聖派人赴臺談判，可鄭氏集團自以為海道險遠，大陸無能為力，鄭經致書福建總督姚啟聖，再次要求：「請照琉球、高麗外國之例，稱臣納貢」，即名義上歸順清朝，實際仍保持獨立。康熙帝龍顏震怒，令施琅「相機進攻」。
戰略抉擇
康熙二十一年(1682年)一月，施琅密疏專征臺灣。施琅提出在南風盛發的五六月出兵，首先攻取澎湖的作戰方案，姚啟聖堅持九、十月北風起時兩路出擊或先攻臺灣，後攻澎湖。十月，康熙帝諭施琅負專征臺灣之職。施琅修改了分兩路進攻澎湖和上淡水的作戰方案，決定集中兵力進剿澎湖，爾後下臺灣。這是因為，第一，「澎湖是臺灣四達的咽喉，外衛之藩屏，先取澎湖，勝勢已居其半」(施琅：《邊患宜靖疏》）；第二，鄭軍的主力集中在澎湖，又是由鄭軍中威望最高的大將劉國軒指揮，如果將其全殲，則「臺灣可不戰而下」(李光地：《施將軍逸事》)。第三，施琅認為臺灣海峽的東北風季勢雖猛，卻驟發驟息，戰船在海上不僅容易被吹散，而且不能拋錨定泊，再加此如果從金門直接攻臺灣，有二百多公里，從澎湖到臺灣僅五十多公里，後援線太長，如果迂到守軍頑抗，進攻就難以持久。攻臺應當採取突然偷襲，並且是穩打穩扎，逐步推進的辦法。十一月，清軍戰艦齊集興化平海衛。十二月二十三日清軍出洋，駛往澎湖。不料遇大風，被迫返回。出海受挫，使施琅進一步熟悉了海情。
鑒於以往的教訓，施琅把選擇出兵的季節、時間、風等條件作為一件大事，派專人查閱氣候資料併進行了實地海情和風的觀測，基本熟悉和掌握了海峽地區的氣象情況，得出夏季臺灣地區高溫高溫多雨，能見度較好，特別是在偏南風向下，風速和緩順暢，得出了有利於舟師上橫渡海峽的氣象條件和結論。
戰前清軍將領們制定了比較周密的作戰計畫並做了充分準備。但對於選擇北風還是南風的風向出兵這樣一個關鍵問題，當時軍內存在不同意見，眾將領之間還發生過激烈爭論。對「總督、提督稱南風不如北風」的爭執，施琅批駁說：「夫南風之信，風輕浪平，將士無暈眩之患，且居上風上流，勢如破竹，豈不一鼓而收全勝。」面對有的將領主張採用北風進兵，他多次向皇帝上書陳述自己的意見，就南風和北風對航海軍事的影響優劣做了比較。他說：「乘夏至南風成信，當即進發搗巢。蓋北風剛硬，驟發驟息，非常不准，難以預料；南風柔和，波浪頗恬，故用南風破賊，甚為穩當。」這在當時世界氣象科技尚不發達的17世紀是十分難得的，最終他說服了其他將領。
久經風浪的施琅在上報的《密陳專征疏》中專門就氣候與風向問題談了他的認識：「春夏之交，東北風為多，我船儘是頂風頂流，斷難道進……莫如就夏至南風成信，連旬盛發，從銅山開駕，順風坐浪，船得聯綜齊行，兵無暈眩之患，深有得於天時、地利、人和之全備。」施琅經過了長期對氣象和氣候規律的觀察摸索，瞭解和認識到夏季裡海峽洋麵上颱風發生率雖高，但是並不是天天都刮狂風，只要能夠避開颱風等惡劣天氣的襲擊，就可以挑選出一段良好天氣順利出航進行作戰。
鑒於以往遇到大風浪的失敗教訓，他在挑選出兵季節上反覆斟酌，最終重新提出於夏季農曆六月份出洋，乘南風進兵的主張。這一方案得到清廷批准。
澎湖之戰
康熙二十二年(1683年)正月，劉國軒得知清軍即將進攻臺灣，乃進一步加強防禦。以忠誠伯馮錫範為左提督，守鹿耳門。五月，劉國軒再增兵澎湖，總兵力達2萬餘人，並有大小炮船、鳥船，趕繒船、洋船、雙帆船船等戰船近200艘．分戍澎湖各要地。此外，在娘媽宮、風櫃尾、雞籠山、四角山、內外塹、西嶼頭、牛心灣和醵嶼等處，均添筑炮城十四座。在便於登陸的地段，還筑造了二十多里的女牆壕溝短牆，派兵把守。
清．康熙二十二年(1683年)五月，康熙帝見招撫不能成功，遂命施琅進兵。六月，在清收復臺灣之戰中，福建水師提督施琅率水師於澎湖與鄭經水師進行戰略決戰。
1683年7月8日（康熙二十二年六月十四日）晨，在姚啟聖準備了充足餉需的支持下，已經63歲高齡的施琅在福建銅山（今東山島）誓師，率領大型戰船300餘艘、中小戰船230餘艘，以提標署右營游擊藍理為先鋒，在夏至前後的西南風風輕浪平時出發，二萬多水師分三路向澎湖進擊。
經過一天一夜航行，六月十五日，清軍到了澎湖的第二大島西嶼（今漁翁島）的西南邊的貓嶼、花嶼和草嶼等島嶼,夜泊澎湖南大門八罩島。在海上巡邏的鄭軍哨船發現後，即報知劉國軒，劉國軒聞訊，急命鎮守獅嶼頭、風櫃尾、雞籠山、四角山、內塹、外塹、東峙、牛心灣等各要點之將領，把大炮移到海岸，以防清軍寄泊，傳令各水師將領駕駛大煩船、鳥船、趕繒船，環泊於娘媽宮前和內塹、外塹、東峙、西峙各要口，準備迎戰。宣毅左鎮請求乘清軍遠航疲憊，立足未穩之機主動出擊，遭到拒絕。劉國軒認為炮城嚴密，清船無處可泊，只待風暴突起，將不戰而潰。時值天晚，清軍戰船灣泊八罩以西的水墳澳。邱輝又欲進攻，劉國軒仍堅信日內必有大風，按兵不動。
十六日晨，施琅直取澎湖本島，兩軍在澎湖海面初戰。清先鋒藍理率7船衝陣，擊沉和焚燬鄭船數艘。標右營千總鄧高勻等駕船5艘，又擊沉鄭船3 艘。時值南潮初發，清軍數船爭先，未能保持好戰鬥隊形，互相衝撞，不成行列。有幾艘船被潮水衝近炮城，鄭軍乘機齊出包圍，右武衛林升率船隊奮勇衝殺，清軍稍卻。施琅親督諸船衝入敵陣，與興化鎮吳英前後夾攻，救出數船，力戰得脫。「琅乘樓船突入賊陣，流矢傷目，血溢於帕，督戰不少卻」(《清史稿．施琅傳》)。因天色將晚，清軍水師收攏後，在西嶼頭洋中錨泊。邱輝又建議乘勝連夜出擊，劉國軒寄希望於颱風，坐失戰機，不敢乘勝追擊。經一天激戰，鄭軍損失兵將2000餘、船隻16艘，清軍損失小於鄭軍，施琅右眼負傷。當晚，施琅率舟師泊於西嶼頭。
十七日晨，施琅率舟師駛回八罩水垵澳灣泊，嚴申軍令，查定功罪，賞罰官兵；並議每鎮督大鳥船6只，各配精兵，於十九日再戰。
十八日，施琅率師出戰，總兵吳英進取虎井、桶盤二嶼。
十九日，施琅率羅士珍、張勝、何應元、劉沛、曾成等坐小趕繒船，深入鄭軍腹地內塹、外塹偵察。
二十日，施琅遣使招降劉國軒，被拒絕。
二十日、二十一日，用趕繒、雙帆艍船分作兩股，佯攻內塹、外塹，以分敵勢，麻痺鄭軍。
在十六至二十一日6天的戰鬥裡，多數時間內都刮著柔和的偏南風，使處於上風方向的清軍可以趁風勢揚起風帆快速前進衝擊敵人。起初戰鬥雙方互有勝負，但鄭軍始終處於逆風被動不利的態勢，具備了與守禦澎湖的鄭氏集團主將劉國軒決戰的條件。
清軍經過3天的休整和準備之後，於六月二十二日（1683年7月16日）發起總攻。戰鬥打響後，清軍得用西南風優勢，分前、中、後三路進攻守軍。隨征都督陳蟒、魏明、副將鄭元堂等領趕繒、雙帆艍船共50艘，由東畔直入雞籠嶼、四角山，為奇兵夾攻；以隨征總兵董義、康玉、外委守備洪天錫領趕繒、雙帆艍船共50艘，由西畔內塹直入牛心灣，作疑兵牽制；施琅與朱天貴、吳英等率船56艘，分作8股，每股7船，各作3迭，居中主攻。對中路主力船隊，施琅周密部署。將其分為8股，每股7艘戰船，又各分作3疊。施琅居中率一股，興化鎮吳英領一股居左，平陽鎮朱天貴、前營游擊何應元合領一股居右，金門鎮陳龍領一股在次左，署中營參將羅士珍、署右營游擊藍理、署後營游擊曾成合領一股在次右之右，署銅山鎮陳昌領一股在次左之左，海壇鎮林賢領一股在末右，廈門鎮楊嘉瑞領一股在末左。以上三路清軍船隊同時向守島鄭軍發起總攻，直搗娘媽宮。另有80餘只戰船留為後援。
第二次大會戰開始。此時，劉國軒聞外塹山頂嘹望炮連發，卻一反常態，立即指揮各船齊起帆碇，從娘媽宮出而迎戰。當時澎湖守軍數量略少於進攻方，但鄭軍佔據澎湖各要點，雖佔有優勢卻處於逆風逆水地位。
鄭軍戰船分為炮船、鳥船、趕繒等數種，其中炮船安設紅衣大炮1位，重三四千斤，船頭兩邊安設發煩20餘門、鹿銃一二百門，有很強的攻擊力。但清軍士氣高昂，按照施琅制定的作戰方針，迅速變換成「五點梅花陣」陣法，以5艘戰船攻敵船一艘，集中兵力各自為戰。「巳刻，南風大發，南流湧起，(施琅) 遂下令揚帆聯進。風利舟快，瞬息飛駛，居上流上風之勢，壓攻擠擊，一可當百；又多用火器、火船，乘風縱發，煙焰彌天」。(阮曼錫：《海上見聞錄》)兩軍酣戰竟日，聲聞數百裡。
從早晨到下午「炮火矢石交攻，有如雨點，煙焰蔽天，除尺莫辨。」劉國軒見清軍各用命爭先，便令劉明督其右鎮尤俊、龍驤左鎮莊用、侍衛中鎮黃德、右鎮蔡智、驍翊協蔡添、領旗鎮林亮、勇衛前鎮曾遂、中提督總理陳國俊、右武衛隨征二營梁麟、水師二鎮前鋒鎮營李富、左營張欽、水師三鎮右營許瑞、水師四鎮右營林耀、折衝左鎮左營陳勇、右提督後鎮左營王受等，乘鳥船、炮船、趕繒船、雙帆艍船，合艅齊擊。鄭軍以數船圍一，接連擊沉邱輝、曾瑞、黃德、吳遜、吳福、王受等船。劉國軒發火箭噴筒，毒焰衝天。激戰中，清總兵朱天貴戰死，林賢前來援救，被困於下風，清軍數隻戰船齊來，與林賢內外夾攻，擊沉擊傷鄭船2 艘，鄭軍退。游擊蘭理中炮「腹破腸流出，為掬而納諸腹，持匹練縛其創。理呼殺賊，麾兵進」（《清史稿》卷二百六十一．蘭理傳）。
施琅督清軍拚死力戰，東西兩翼清軍戰船亦至，施琅命3路齊進，以眾擊潰，用火船乘風縱發。當天共焚燬、擊沉和俘獲鄭軍大小戰船近200艘（其中大貢船三十七艘，大烏船五十二艘，其他船一百零七艘），鄭軍死傷各級將領三百多名，殲滅鄭軍主力一萬二千多人，繳獲許多船隻和武器裝備，很快攻克澎湖列島。澎湖陸上守備將領果毅中鎮楊德等165人、士兵4853人投誠。清軍官兵陣亡329人，負傷1800餘人，船隻無損失，可謂大獲全勝。
劉國軒慘敗，浮屍遍海。吼門水淺，清軍未加堵御。劉國軒見諸軍已喪沒大半，恰遇水漲風順，只是因地形熟悉，劉國軒才率領小炮船3艘、小鳥船2 艘、趕繒及雙帆船26艘和幾百名將士從水淺礁險的吼門島嶼遁逃回臺灣。施琅令陳蟒率快哨追擒。陳蟒港路不熟，未及。時至黃昏，施琅鳴金收軍，打旗招降。
此戰，交戰雙方的兵力大體相當，鄭軍經營澎湖多年，設防據守，以逸待勞；清軍渡海作戰，遠來疲憊。鄭軍處於有利態勢，而結果卻一敗塗地，全軍覆沒。除政治腐敗，士氣不高以外，指揮上的失著應是一個重要原因。首先是防禦部署上的錯誤，鄭軍只注意防守八罩水道以北的北大山、西嶼、北山等大島，而忽視了在八罩水道以南的八罩、虎井、桶盤、花嶼、貓嶼等諸小嶼設防，使南來的清軍水師得以乘虛入據，成了清軍駐泊、休整和出擊的前進基地。其次是消極防禦，貽誤戰機。當清軍水師經過30多小時的航行，抵近澎湖時，鄭軍宣毅左鎮邱輝對劉國軒說：「乘彼船初到，安澳未定，兵心尚搖，輝願領煩船十隻，同左虎衛江勝貫陣卻之。」建威中鎮黃良驥也說：「先發制人，半渡而擊，正合兵法。」劉國軒卻說：「炮臺處處謹守，彼何處灣泊?當此六月時候，一旦風起，則彼何所容身? 此乃以逸待勞，不戰可收全功也。」遂按兵不動，使清軍水師得以順利到達澎湖，環泊花、貓二嶼。邱輝又建議「乘夜潮落，沖舟宗擊之」，又遭拒絕。十六日，清軍出戰不利，千帥受傷。邱輝建議乘勝夜襲，劉國軒仍以等待颶風使彼自覆為由未予採納。邱輝說：「兵法有云：半渡可擊，立營未定可擊，乘虛可擊；今敵患三者，而不乘其勢，若早晚無風，合萬人為一心而死戰，將奈何?」劉國軒不聽部屬的合理建議，三次放棄殲敵的有利戰機，把取勝的希望完全寄託在可期而不可必的風暴上，結果是風未至而兵已敗。第三是冒險決戰，全軍覆沒。鄭軍的作戰方針本來是以澎湖為重點設防固守，劉國軒本人也不願主動出擊，而是指望海上風暴會使清軍不戰而敗。既然如此，那末就應該充分利用防禦工事，保存有生力量，避免與清軍決戰。劉國軒見不及此，當施琅發起總攻時，亦率全部海上兵力迎戰，終於全軍覆沒。
清軍之所以取勝，除戰船裝備精良，將士作戰勇敢之外，也是與作戰指揮的正確分不開的。清軍水師統帥施琅「治軍嚴整，通陣法，尤善水戰，諳海中風候」(《清史稿．施琅傳》)，在指揮上有許多獨到之處。在渡海時間上，他一反在東北風季節渡海的傳統，選在西南風始發的六月中旬。有人間這是什麼原故，琅曰：「北風日夜猛，今攻澎湖，未能一戰克，風起舟散，將何以戰?夏至前後二十餘日，風微，夜尤靜，可聚泊大洋，觀釁而功，不過七日，舉之必矣。」(同上)這種選擇曾經遭到姚啟聖等人的強烈反對，但施琅始終不為所動。實戰證明，這一選擇是正確的，它保障了清軍水師在發起總攻前的安全錨泊。在渡海航路上，以往從大陸到臺灣，都從金、廈出航，而施琅一反慣例，把出航點選在靠南的銅山島。因為水師從銅山出航後可利用西南風，直取澎湖以南鄭軍未設防的諸島嶼，以作為前進基地，然後向北轉入澎湖海域，這樣便始終處於順風順流的有利陣位。實戰證明，這種選擇是正確的，取得了預期的效果。在戰術上，集中兵力，速戰速決。澎湖海域六月多風，深諳海情的施琅是知道的，在初戰小挫之後，便立即抓緊再戰準備，並不失時機地發起總攻。施琅除分兵二路，從東、西兩個方向進行佯動和箝制以外，在主攻方向上集中了56艘主力戰船，並以五船合攻一船，逐次殲滅了鄭軍主力，而清軍水師卻無一船損失，這在海戰史上是不多見的。
此後，施琅又一面加緊軍事行動，一面對鄭氏集團施以大義，進行招撫。澎湖戰敗，鄭克塽等極為恐慌。施琅進行政治爭取工作，澎湖海戰結束後，他對鄭軍官兵無論是歸順的，還是被俘的，一律採取優待安撫政策。對鄭軍將領以禮相待，士卒給以錢糧，負傷者代為醫治，有欲歸見妻子者派小船送至臺灣。800 名傷殘者醫治之後，釋放回臺，令他們宣示招撫之意。對澎湖居民，除多方撫慰之外，還宣告免除3年徭稅差役，以利休養生息。所有這些，對安定臺灣的民心士氣，起了重要的作用，臺灣民眾「莫不解體歸心，唯恐王師之不早來」（《海上見聞錄》）。
施琅以澎湖為據點，整船治軍，擬於八月或十月，乘北風進軍臺灣。臺灣聞鄭軍在澎湖慘敗，人心惶惶，兵無鬥志。此後，清廷對臺灣加緊招撫，對臺灣鄭氏集團的上層人物，開展了政治攻勢，把重點放在鄭軍的統帥劉國軒身上。施琅派員以厚爵遊說劉國軒，促使劉國軒極力主降，並派兵監視鄭氏子孫。
在施琅大軍壓境之下，鄭氏已無抵抗能力，於7月5日遣使到施琅軍中奉表納降，呈交延平王金印和戶口土地冊籍。駐守上淡水的虎衛鎮何義也向施琅投降。康熙帝接到奏報，召集百官商議，有大臣建議誅滅臺灣鄭氏九族，以報鄭成功舉兵抗清之仇。康熙帝嚴厲斥責道：「君子以德報怨，不可耿耿於懷於舊隙。臺灣兵民同為炎黃子孫，理應共樂升平。」於是傳旨施琅：「澎湖已克，臺灣蕩平似秋風之掃落葉。如能誠心歸降，則既往不咎，可將前罪盡行赦免，仍加恩安插，務令所得。」7月19日，施琅派人到東寧出示軍民髡髮及各項投降清單。當一些部眾勸施琅對鄭部「急扑滅之，以雪前仇」時，他說：「吾此行上為國下歸民耳，若其銜璧來歸，當即赦之，毋苦我父老子弟幸矣！何私之為有？」八月十一日，施琅留水陸官兵3000名、大小戰船30艘守澎湖，親率舟師開往臺灣。8月13 日，施琅率領舟師進入臺灣，到達臺灣鹿耳門港（今臺南市西北），登陸臺灣。劉國軒等帶領文武官員軍前迎接，各鄉社百姓亦沿途「壺漿迎師」。十五日，舉行受降儀式，鄭克塽率領已經髡髮的東寧王國文武百官投降。二十三日，施琅率吳英、劉國軒等巡視臺灣南北兩路。十一月二十二日，清軍班師至澎湖。二十七日返抵廈門。
施琅攻取臺灣之後，疏請朝廷禮待投降的鄭氏幼主及其將帥。清．康熙二十二年（1683年）十月初六，施琅派船遣送鄭克塽、馮錫範、劉國軒等並眷屬由臺灣至泉州，並把他們送往北京。康熙接受投降，優待鄭氏，稱：「爾等從前抗違之罪，全行赦免。仍從優敘錄。」（《清聖祖實錄》卷一百一十一）。鄭克塽受封正黃旗漢軍公，劉國軒授天津衛左都督總兵，臺灣遂告統一。
臺灣棄留之爭
臺灣剛統一的那年，即1683年年底，清廷特派大臣、侍郎蘇拜赴福建，與總督、巡撫及施琅商討對臺灣的善後方略。會上竟有人認為對臺灣留無益棄有害，有人乾脆提出：「遷其人，棄其地」，「任夷人居之」。朝中也出現了關於臺灣棄留問題的爭論。內閣大學士李光地認為「應棄」，「空其地，任夷人居之而納款通貢，即為賀(荷)蘭所有亦聽之。」(《榕村語錄續集》卷十一)；廷議大多傾向「棄臺」，認為：「得其地不足以耕，得其人不足以臣。」「孤懸海外，易藪賊，欲棄之」。甚至連康熙帝也一度錯誤地認為：「臺灣僅彈丸之地，得之無所加，不得無所損。」(《清聖祖實錄》卷一百十二)
對此，施琅堅決反對，力排眾議力陳留臺的重要性，堅持保有臺灣。康熙二十二年（1683年）12月，施琅呈《恭陳臺灣棄留疏》，說他「行年六十有餘，衰老浮生」，他到過臺灣，瞭解臺灣的情況，現在講臺灣的棄、留問題，他「不敢不言」。給康熙皇帝剖析棄留利害得失。
施琅首先闡述臺灣地位的重要性：「臺灣地方，北連吳會，南接粵嶠，延袤數千里，山川峻峭，港道紆回，乃江浙閩粵四省之左護，一日棄之，必不免為逃軍流民土番等嘯聚巢穴，或為荷蘭人再據，此所謂藉寇兵而齊盜糧，沿海諸省難保安然無事，且澎湖乃不毛之地，不及臺灣什一，若無臺灣，澎湖亦不能守。加之寓兵於農，於治臺必能有濟。」明末，鄭芝龍「將此地稅與紅毛（指荷蘭殖民主義者）為互市之所。紅毛遂聯絡土番，招納內地人民，成一海外之國，漸作邊患」。至鄭成功時代，「糾集亡命，挾誘土番，荼毒海疆，窺伺南北，侵犯江浙」。他征討臺灣，親歷其地，臺灣「野沃土膏，物產利博，耕桑並耦，魚鹽滋生，滿山皆屬茂樹，遍處俱植修竹。硫磺、水籐、糖蔗、鹿皮，以及一切日用之需，無所不有」，「舟帆四達，絲縷踵亞」，實在是「肥饒之區，險阻之域」。在施琅看來，臺灣土地肥沃，物產豐富，風景優美，人煙稠密，真是一個寶島。納入清朝「版圖」，管理好臺灣，可資東南之保障，可「資皇上東南之保障，永絕邊海之禍患」。施琅的家鄉在沿海，他小時候就聽說沿海父老兄弟遭受倭寇的糟蹋蹂躪，他也親眼看到為了割斷鄭氏政權和沿海人民的聯繫，沿海人民飽受「遷界」之苦。臺灣「地方既入版圖，土番人民均屬赤子。善後之計，尤宜周詳」。怎麼能夠放棄呢？
施琅高瞻遠矚，尤其注意荷蘭殖民主義者的動向。他告誡說，對臺灣這個地方，外國侵略者無時不想吞食，指出：「此地原為紅毛住所，無時不在涎貪，亦必乘隙以圖。一為紅毛所有，則彼性狡黠，所到之處，善能蠱惑人心。重以夾板船隻，精壯堅大，從來乃海外所不敵。未有土地可以托足，尚無伎倆；若以此既得數千里之膏腴復付依泊，必合黨夥竊窺邊場，迫近門庭。此乃種禍後來，沿海諸省，斷難晏然無虞。」臺灣一旦再被外國侵略者所侵佔，那時再來「勤師遠征，兩涉大洋，波濤不測，恐未易再建成效」。
據此，施琅得出結論，臺灣「棄之必釀成大禍，留之必永固邊圉」。他大聲疾呼：臺灣「斷斷乎其不可棄。」他以敏銳的戰略眼光提出建議：「汰內地溢設之官兵，分防兩處：臺灣設總兵一、水師副將一、陸營參將二，兵八千，澎湖設水師副將一、兵二千。初無增兵添餉之費，已足固守……」施琅還繪製臺灣地圖上呈，供康熙決斷。
在施琅等人的力爭下，康熙權衡利害關係，最後贊同施琅的意見，決定留住臺灣，說：「臺灣棄取，所關甚大。棄而不守，尤為不可」（《康熙起居注》二十三年正月二十一日）。康熙二十三年（1684年)四月臺灣第一次被納入中國版圖，設臺灣府與臺灣、鳳山、諸羅三縣，隸屬福建省，設官治理，與廈門合設道官1員，在臺澎分別駐兵1萬名戍守。
治臺
施琅率師到臺灣後，在《祭臺灣山川后土文》中說：「（臺灣）幅員既入輿圖兮，版籍已登廟堂。」在《諭臺灣安民生示》說：「念（臺灣）土地既入版圖，則人民旨屬赤子，保撫綏，倍常加意。」同時，發布《嚴禁犒師示》等三個告示，嚴申紀律，嚴禁騷擾，嚴禁犒師，買賣公平，減租四成。
施琅的父親和弟弟為鄭成功所殺，其後，在鄭經時代，他的家族又有70餘人死於鄭氏之後。但施琅不修舊怨，從未對鄭成功的後代採用過任何的報復手段，不殺鄭氏一人，鄭氏人眾俱得妥善安置。還在清軍攻下澎湖時，其部下向他進言：「公與鄭氏三世仇，今鄭氏釜中魚，籠中鳥也，何不急扑滅之以雪前冤？」 施琅曰：「吾此行上為國、下為民耳。若其銜璧來歸，當即赦之，毋苦我父老子弟，幸矣！何私之有？」他還向鄭氏手下的人保證：「斷不報仇。當日殺吾父者已死，與他人不相干。不特臺灣人不殺，即鄭家肯降，吾主料不殺。今日之事，君事也，吾敢報私怨乎？」入臺後，施琅果不食言，不僅不殺鄭家一人，還於康熙二十二年（1683年）八月廿二親自廟祭鄭成功，「親為文，祭成功，語簡要，得大體，而微寓其不仇故主之意。」(《施襄壯受降辯》，見《靖海紀事》第17頁) 情深意篤，言辭懇切，對鄭氏父子開闢臺灣的功績作了高度的評價，表示自己率部克臺是為國為民盡職，對成功毫無怨仇，充分表現了坦蕩的胸懷，得到康熙好評。
通過這些措施，迅速地安定了人心，維護了社會秩序。康熙二十二年（1683年）十二月二十二日，施琅上《恭陳臺灣之利害棄留疏》，提出治理臺灣方案。
施琅一向關心沿海百姓的安寧，一開始就堅決反對「遷界」。他說：「自古帝王致漢，得一土則守一土，安可以既得之封疆而復割棄？」可惜，他的這一高見，一直到1683年他率兵統一臺灣後再「請於朝」，沿海遷民才「悉復其業」。於是被棄的民田「漸次墾闢」，從福建到廣東，沿海「禾麥」，「一望良疇」。民眾無限感激，稱：「臺灣未平，此皆界外荒區。平後，而荒煙野草復為綠畦黃茂，圮牆垣復為華堂雕桷。微將軍平海，吾等無以安全於永久也。」
身後
施琅從1662年上疏議請復臺，至1683年統一臺灣，20餘年百折不撓，終酬夙願，卒成大業。康熙把臺灣的歸附看成是施琅為清朝「掃數十年不庭之巨寇，擴數千里未辟之遐封。」施琅復臺、鄭氏「乞降，請命納土歸誠」的捷報抵京時，正值中秋佳節。康熙見玉宇銀盤圓潔，華夏金甌無缺，喜不自勝，即解所御龍袍馳賜，親制褒章嘉許，封施琅為靖海侯，世襲罔替，令其永鎮福建水師，「鎖鑰天南」。他在施琅封侯的「制誥」中，對施琅大加表彰，指出：「（臺灣）自明朝以來，逋誅積寇，始克殄除。海外遐陬，歷代未錄疆索。自今初辟，悉入版圖。此皆爾矢心報國，大展壯猷，籌劃周詳，佈置允當，建茲偉伐，宜沛殊恩。」准許在澎湖大山嶼媽宮城內及臺南城內樣仔林街建生祠，稱為「施將軍祠」，並賜以在臺灣廣大的勛業地稱為「施侯租田園」、「施侯大租」的收納統歸清朝在臺衙門代行，並保送至北京轉交施琅世襲業主。臺南縣的將軍鄉即因施琅將軍而得名。
在福建水師提督任上，施琅先後兩次向康熙提出年老退休要求，康熙兩次挽留。
施琅晚年致力於公益事業，於晉江、泉州、廈門等地修橋造路，興辦學校，興建衙口施氏大宗祠和廈門水師提督府，擴建廈門城池，興建廈門南普陀，修建廈門朝天宮。
康熙三十六年（1697年）農曆三月二十一，施琅因病卒於廈門任上，葬在惠安黃塘虎窟口（1991年3月，施琅陵墓被列入省級重點文物保護單位）。康熙加贈太子少傅，謚襄壯，命官3次諭祭，並於泉州府學前建祠祀之。其時，「兩島八閩皆頃德」，紛紛為之樹碑揚譽。十九都有「靖海侯」坊，陽義輔立康熙制詩句「上將能宣力，南紀盡風流」，同安等地立「績光銅柱」、「澤普南天」、「勛高大樹」、「澤沛甘棠」等碑坊，表彰施琅的豐功偉績。他的後人把他戎馬生涯中的奏折文章輯成《靖海紀事》一書傳世。
《潯海施氏族譜》、《晉江縣誌》、《泉州府志》、《福建通志》、《清史稿》等均有施琅的記載。
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